| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,789,588 | G→T | intergenic (+107/‑25) | aroH → / → ydiE | 3‑deoxy‑7‑phosphoheptulonate synthase, Trp‑sensitive/PF10636 family protein YdiE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,789,588 | 0 | G | T | 99.3% | 1224.9 / ‑3.4 | 291 | intergenic (+107/‑25) | aroH/ydiE | 3‑deoxy‑7‑phosphoheptulonate synthase, Trp‑sensitive/PF10636 family protein YdiE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (110/179); total (111/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CCATTCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTGTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGCCTA > NC_000913/1789490‑1789685 | ccATTCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATtttt < 2:2333898/101‑1 (MQ=255) cATTCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTta > 2:2334336/1‑101 (MQ=255) ttCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTtata < 1:2333762/101‑1 (MQ=255) ttCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTtata < 2:2334076/101‑1 (MQ=255) tCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTatat < 2:2334016/101‑1 (MQ=255) cTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCa < 1:2333705/101‑1 (MQ=255) tGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCaa < 1:2333915/101‑1 (MQ=255) tGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCaa > 2:2334339/1‑101 (MQ=255) aCGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAatt < 2:2334005/101‑1 (MQ=255) cGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAatta > 2:2334343/1‑101 (MQ=255) aaTGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattatta < 1:2333903/101‑1 (MQ=255) aTGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattattat > 2:2334346/1‑101 (MQ=255) aTGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattattat < 2:2333967/101‑1 (MQ=255) tGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattattatt < 1:2333887/101‑1 (MQ=255) tGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattattatt < 2:2334052/101‑1 (MQ=255) gggCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTta < 1:2333832/86‑1 (MQ=255) gggCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATc < 1:2334169/90‑1 (MQ=255) gggCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAAttattatta < 2:2334042/101‑1 (MQ=255) ggCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAatta < 1:2333994/94‑1 (MQ=255) ggCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTaa < 1:2333801/101‑1 (MQ=255) gCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAt < 2:2333807/101‑1 (MQ=255) cATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAtt > 1:2334349/1‑101 (MQ=255) cATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAtt < 2:2333850/101‑1 (MQ=255) aTTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAattat < 1:2333932/92‑1 (MQ=255) aTTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAttt > 2:2334351/1‑101 (MQ=255) aTTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAtt < 2:2333728/100‑1 (MQ=255) tttCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAtttt < 2:2334130/101‑1 (MQ=255) tttCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAtttt < 1:2333968/101‑1 (MQ=255) ttCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAttttt < 1:2334094/101‑1 (MQ=255) ttCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAttttt < 1:2334202/101‑1 (MQ=255) ttCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAAttttt < 1:2334046/101‑1 (MQ=255) tCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTa > 1:2334355/1‑101 (MQ=255) tCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTa < 2:2333869/101‑1 (MQ=255) tGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATg < 1:2334033/101‑1 (MQ=255) tGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATg < 2:2333820/101‑1 (MQ=255) tGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATg < 1:2333950/101‑1 (MQ=255) cgcAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCg < 2:2334082/101‑1 (MQ=255) gcAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGt < 1:2334111/101‑1 (MQ=255) aCTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTtat < 1:2333742/101‑1 (MQ=255) aCTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTtat > 1:2334359/1‑101 (MQ=255) cTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATATGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTtata < 1:2334012/101‑1 (MQ=255) tgttgtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGt < 1:2333908/95‑1 (MQ=255) tgttgtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACg < 2:2333958/101‑1 (MQ=255) tgttgtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACg > 2:2334364/1‑101 (MQ=255) tgttgtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACg > 2:2334362/1‑101 (MQ=255) gtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATa < 2:2333924/101‑1 (MQ=255) gtCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATa > 1:2334368/1‑101 (MQ=255) tcttctCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAg < 1:2334084/101‑1 (MQ=255) tcttctCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAg > 1:2334371/1‑101 (MQ=255) cttctCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGc > 2:2334372/1‑101 (MQ=255) tctcAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAg < 2:2334217/101‑1 (MQ=255) ctcAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGa < 2:2334123/101‑1 (MQ=255) tcAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaa < 2:2334150/101‑1 (MQ=255) caacaaATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaaa > 1:2334378/1‑101 (MQ=255) caacaaATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaaa > 2:2334377/1‑101 (MQ=255) aacaaATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaaaa < 1:2333794/101‑1 (MQ=255) aacaaATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaaaa < 2:2334296/101‑1 (MQ=255) aacaaATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTGTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGaaaa < 1:2334165/101‑1 (MQ=255) aaTTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTtata < 2:2334029/83‑1 (MQ=255) aaTTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCa > 1:2334381/1‑101 (MQ=255) aTTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCAc < 2:2333979/101‑1 (MQ=255) aTTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCAc < 2:2333940/101‑1 (MQ=255) aCTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGcc > 2:2334384/1‑101 (MQ=255) cTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCt < 2:2334172/101‑1 (MQ=255) gcttgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGa > 1:2334389/1‑101 (MQ=255) cttgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGaa > 2:2334390/1‑101 (MQ=255) ttgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGaaa > 2:2334395/1‑101 (MQ=255) ttgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGaaa < 1:2334054/101‑1 (MQ=255) tgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAAc < 1:2334189/101‑1 (MQ=255) tgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAAc > 1:2334396/1‑101 (MQ=255) tgctCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAAc < 1:2334079/101‑1 (MQ=255) ctGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGAt < 1:2334066/101‑1 (MQ=255) tGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATg > 1:2334400/1‑101 (MQ=255) 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ttGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCg > 1:2334423/1‑101 (MQ=255) tGATAATAAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGc > 2:2334425/1‑101 (MQ=255) ataataAGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCtt < 1:2334124/101‑1 (MQ=255) aataaGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTcc > 1:2334429/1‑101 (MQ=255) aataaGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTcc < 1:2334149/101‑1 (MQ=255) aaGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCg < 2:2334010/101‑1 (MQ=255) aGAATCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGc > 2:2334433/1‑101 (MQ=255) aaTCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAAc < 2:2334060/57‑1 (MQ=255) aaTCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAg > 1:2334435/1‑101 (MQ=255) aTCATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGc > 1:2334438/1‑101 (MQ=255) cATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGCCt < 2:2334114/101‑1 (MQ=255) cATTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGCCt > 2:2334441/1‑101 (MQ=255) aTTTTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGCCTa > 2:2334445/1‑101 (MQ=255) | CCATTCCTGACGGAATGGGCATTTCTGCGCAACTTGTTGTCTTCTCAACAAATTACTGCTTGCTCTGGTCAGCCATAATATTGATAATAAGAATCATTGTTATATCAATTATTATTAATTTTTATGCGTTATACGGATAGCAGAAAACTCACGCCTGAAACGGATGCCAATCACAAGACCGCTTCCCCGCAGCCTA > NC_000913/1789490‑1789685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |