Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 88.6% | 1120.1 / 134.3 | 308 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (17/18); new base C (138/135); total (155/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
CGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTT > NC_000913/1211980‑1212177 | cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa > 1:1973107/1‑101 (MQ=255) gtgtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑c < 1:1972292/101‑1 (MQ=255) gtgtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑c < 1:1972964/101‑1 (MQ=255) tgtCAATTACTATCCACTACATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑cc < 1:1972605/101‑1 (MQ=255) tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑cccc > 2:1973112/1‑101 (MQ=255) cAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccc < 2:1972496/101‑1 (MQ=255) cAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccc < 1:1972463/101‑1 (MQ=255) cAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccc > 1:1973114/1‑101 (MQ=255) cTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccccccctc > 1:1973119/1‑98 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccccccctca > 2:1973120/1‑97 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccccccctca < 1:1972638/101‑5 (MQ=255) tCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCaaa < 2:1972426/101‑1 (MQ=255) tCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCaaa < 1:1972534/101‑1 (MQ=255) ccACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCaaaa < 1:1972658/101‑1 (MQ=255) ccACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCaaaa > 2:1973126/1‑101 (MQ=255) cACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCaaaaaa < 2:1972560/101‑1 (MQ=255) aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccccccctc > 1:1973129/1‑92 (MQ=255) aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCgaaaaaa < 1:1972446/101‑1 (MQ=255) tttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAaaataaat < 1:1972376/101‑1 (MQ=255) tttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAaaataaat < 2:1972697/101‑1 (MQ=255) tttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAaaataaat < 2:1972590/101‑1 (MQ=255) tttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaatt > 2:1973135/1‑101 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAaaat < 1:1972515/96‑1 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaa > 1:1973139/1‑101 (MQ=255) ttATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaat > 2:1973142/1‑101 (MQ=255) tATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAattaatta < 1:1972629/101‑1 (MQ=255) aTGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAattaatta < 2:1972456/101‑1 (MQ=255) tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAAttaattaa > 2:1973147/1‑101 (MQ=255) tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAAttaattaa < 1:1972618/101‑1 (MQ=255) tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAAttaattaa < 2:1972611/101‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaa > 1:1973149/1‑101 (MQ=255) cTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat < 2:1972626/101‑1 (MQ=255) cTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 2:1973151/1‑101 (MQ=255) ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:1972394/101‑1 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat < 1:1972520/101‑1 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat > 2:1973158/1‑101 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgatg < 1:1972886/101‑1 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgatg < 1:1972225/101‑1 (MQ=255) cccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 1:1972499/101‑1 (MQ=255) ccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc > 2:1973161/1‑101 (MQ=255) ccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 2:1972751/101‑1 (MQ=255) cACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCt > 1:1973164/1‑101 (MQ=255) aCGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCtt > 2:1973166/1‑101 (MQ=255) aCGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccccccct > 1:1973169/1‑68 (MQ=255) tATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatat > 1:1973174/1‑101 (MQ=255) aTTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatata > 1:1973180/1‑101 (MQ=255) aTTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatata > 2:1973177/1‑101 (MQ=255) tAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaa < 2:1972734/101‑1 (MQ=255) tAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaa > 1:1973186/1‑101 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ttCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 1:1972792/101‑1 (MQ=255) tCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 1:1972726/101‑1 (MQ=255) ttGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATgg < 1:1972704/101‑1 (MQ=255) tGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGa > 2:1973245/1‑101 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGAt < 2:1972597/101‑1 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGAt > 1:1973246/1‑101 (MQ=255) aTTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAACAAGGAATCTCAATGGAt > 1:1973252/1‑101 (MQ=255) aTTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAAAAAaataatta > 2:1973253/1‑50 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |