Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 529,055 | (T)8→7 | pseudogene (416/491 nt) | ybbD → | putative uncharacterized protein YbbD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 529,048 | 0 | T | . | 99.8% | 2190.5 / ‑2.7 | 411 | pseudogene (409/491 nt) | ybbD | putative uncharacterized protein YbbD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (188/222); minor base C (1/0); total (189/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 463 total aligned reads displayed.
AGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAG > NC_000913/528948‑529144 | aGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCt > 2:1031084/1‑101 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCttt < 2:1030224/101‑1 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCttt < 1:1030428/101‑1 (MQ=255) aaCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCttttt < 2:1030353/101‑1 (MQ=255) aaCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCttttt < 2:1030458/101‑1 (MQ=255) aCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttt < 1:1030104/101‑1 (MQ=255) aCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttt < 2:1030516/101‑1 (MQ=255) aCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttt < 2:1030551/101‑1 (MQ=255) aCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttt < 1:1030603/101‑1 (MQ=255) aaGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttttg > 1:1031090/1‑100 (MQ=255) aaGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttttg > 2:1031091/1‑100 (MQ=255) aGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttttgt < 1:1030305/101‑3 (MQ=255) cGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTg > 2:1031097/1‑101 (MQ=255) aaaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGaa > 1:1031103/1‑101 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGaaa < 2:1030592/101‑1 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGaaa < 2:1030434/101‑1 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGaaa < 1:1030276/101‑1 (MQ=255) aaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAAt < 1:1030468/101‑1 (MQ=255) aaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAAt < 1:1029718/101‑1 (MQ=255) aTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAAtt > 1:1031109/1‑101 (MQ=255) 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aaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAat < 2:1030578/101‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAat > 1:1031158/1‑101 (MQ=255) aaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAata < 1:1030677/101‑1 (MQ=255) aaaGTGTGGCGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATAtt > 1:1031163/1‑101 (MQ=255) aGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTgg > 2:1031171/1‑101 (MQ=255) aGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTgg < 2:1030613/101‑1 (MQ=255) aGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTgg > 1:1031168/1‑101 (MQ=255) 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gtAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTa > 1:1031278/1‑101 (MQ=255) tAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTaa < 2:1030416/101‑1 (MQ=255) aaaCC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAag > 1:1031285/1‑101 (MQ=255) | AGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAG > NC_000913/528948‑529144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |