Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→8 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 321,557 | 1 | . | G | 94.7% | 1359.4 / 62.9 | 340 | intergenic (+476/‑51) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/10); new base G (155/167); total (163/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
CGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAA > NC_000913/321457‑321652 | cGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 1:629515/1‑101 (MQ=255) cGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 2:629514/1‑101 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g > 1:629522/1‑101 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g < 2:628954/101‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g > 2:629519/1‑101 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggg > 2:629529/1‑101 (MQ=255) ggATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggggg < 1:628712/101‑1 (MQ=255) gATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTAATCCCCCGGT‑gggggg > 1:629535/1‑101 (MQ=255) aTGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggggggg < 2:629012/101‑1 (MQ=255) tGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑gggggggg > 2:629540/1‑100 (MQ=255) gAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑gggggggga < 2:629093/101‑3 (MQ=255) aaaGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGgaa < 1:629064/101‑1 (MQ=255) aaGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGgaaa > 1:629546/1‑100 (MQ=255) aGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGgaaac > 2:629548/1‑99 (MQ=255) aTTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACAt < 1:628853/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 2:629165/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 2:628791/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 2:628913/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 2:628939/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 1:629038/101‑1 (MQ=255) tCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCggg < 1:628969/101‑1 (MQ=255) ttGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATa < 2:628995/101‑1 (MQ=255) ttGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATa > 1:629554/1‑101 (MQ=255) tGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATaa > 2:629555/1‑101 (MQ=255) gTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa < 1:629242/101‑1 (MQ=255) gTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa > 1:629561/1‑101 (MQ=255) cATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATg > 2:629564/1‑101 (MQ=255) tACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATggg < 2:629318/101‑1 (MQ=255) tACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATggg < 1:628892/101‑1 (MQ=255) aCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGc > 2:629568/1‑101 (MQ=255) cAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa > 1:629571/1‑101 (MQ=255) aaaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCAt < 2:629103/101‑1 (MQ=255) aaaTGAGGGGTGGAATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGgaaa > 2:629576/1‑80 (MQ=255) aTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGa < 1:629197/101‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGaa > 1:629578/1‑101 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAg > 2:629584/1‑101 (MQ=255) aGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGt > 1:629585/1‑101 (MQ=255) ggggTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTa < 2:629080/101‑1 (MQ=255) gggTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:628819/101‑1 (MQ=255) gtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg > 1:629590/1‑101 (MQ=255) gtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg < 1:628611/101‑1 (MQ=255) ggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGa < 1:628768/101‑1 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg > 2:629598/1‑101 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg < 1:629107/101‑1 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg > 1:629595/1‑101 (MQ=255) tGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTAt > 1:629603/1‑101 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTa < 1:629137/101‑1 (MQ=255) tGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAg > 2:629609/1‑101 (MQ=255) tGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAg > 1:629608/1‑101 (MQ=255) tGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAg < 1:629000/101‑1 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGt < 2:629065/101‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGtt > 1:629613/1‑101 (MQ=255) tAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtg < 1:629220/101‑1 (MQ=255) tAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtg < 1:629046/101‑1 (MQ=255) tAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtg < 1:628926/101‑1 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtgt < 1:629095/101‑1 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtgtg < 1:629157/101‑1 (MQ=255) cAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGaa > 1:629619/1‑101 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAttt > 1:629639/1‑101 (MQ=255) aaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAttt < 2:629118/101‑1 (MQ=255) aaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAttt > 2:629640/1‑101 (MQ=255) aGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTc < 2:628977/101‑1 (MQ=255) aaCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCtt > 1:629646/1‑101 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTa > 2:629648/1‑69 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 2:629188/101‑1 (MQ=255) tccATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGt > 1:629653/2‑101 (MQ=255) 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1:629664/1‑101 (MQ=255) tttattGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTg < 1:629333/101‑1 (MQ=255) ttattGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATgg < 2:628837/50‑1 (MQ=255) tattGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTa > 1:629669/1‑101 (MQ=255) attGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAt > 2:629673/1‑101 (MQ=255) attGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAt > 1:629675/1‑101 (MQ=255) ttGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAtt < 2:629262/101‑1 (MQ=255) tgatgaTTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTg > 2:629679/1‑101 (MQ=255) atgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGt > 1:629683/1‑101 (MQ=255) atgatTGATCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGt < 1:628953/101‑1 (MQ=255) tgattgatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTg > 2:629686/1‑101 (MQ=255) tgattgatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTg < 1:629177/101‑1 (MQ=255) gattgatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGTAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa < 2:628890/101‑1 (MQ=255) gattgatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa > 2:629691/1‑101 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAc > 1:629694/1‑101 (MQ=255) gatCCCCCGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc > 2:629700/1‑101 (MQ=255) cccGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGaa > 1:629705/1‑101 (MQ=255) ccGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGaaa < 2:629350/101‑1 (MQ=255) ccGGTGGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGaaa > 1:629709/1‑101 (MQ=255) | CGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAA > NC_000913/321457‑321652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |