| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,877,945 | (C)6→7 | intergenic (+327/+624) | iap → / ← cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,877,939 | 1 | . | C | 98.9% | 1431.8 / 6.6 | 351 | intergenic (+321/+630) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (180/167); total (182/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
ACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTC > NC_000913/2877839‑2878034 | aCGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 2:5516763/1‑101 (MQ=255)aCGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 1:5516765/1‑101 (MQ=255) cgGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑ccc > 2:5516775/1‑101 (MQ=255) ggggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc < 1:5516041/101‑1 (MQ=255) ggggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc > 1:5516779/1‑101 (MQ=255) gggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 2:5516785/1‑96 (MQ=255) gAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGT‑G‑‑cccc‑ccc < 2:5516235/101‑2 (MQ=255) aaCTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccg < 1:5516070/101‑3 (MQ=255) aCTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccgg > 1:5516791/1‑98 (MQ=255) cTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccggt < 2:5515899/101‑5 (MQ=255) cGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTGATGC‑GC‑CCCC‑CCGGttt > 1:5516797/1‑101 (MQ=255) cGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGttt > 2:5516798/1‑101 (MQ=255) tAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTAt < 2:5516076/101‑1 (MQ=255) aGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATc > 1:5516803/1‑101 (MQ=255) gTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcc > 1:5516809/1‑101 (MQ=255) tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc > 2:5516813/1‑101 (MQ=255) tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc < 2:5516035/101‑1 (MQ=255) tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc < 2:5516157/101‑1 (MQ=255) ccATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 1:5516818/1‑101 (MQ=255) catTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTg > 1:5516824/1‑101 (MQ=255) 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cTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg > 1:5516838/1‑101 (MQ=255) tGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCTC‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc < 2:5515951/101‑1 (MQ=255) tGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc > 1:5516845/1‑101 (MQ=255) gTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAct > 2:5516849/1‑101 (MQ=255) gAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTgg > 1:5516855/1‑101 (MQ=255) aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg < 2:5516112/101‑1 (MQ=255) aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg < 1:5515996/101‑1 (MQ=255) aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg > 2:5516858/1‑101 (MQ=255) cgcccGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAActc < 2:5516126/93‑1 (MQ=255) cTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGggcg > 1:5516862/1‑101 (MQ=255) tCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516866/1‑77 (MQ=255) ccGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTgg < 1:5516335/80‑1 (MQ=255) cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTg < 1:5516437/93‑1 (MQ=255) cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 2:5516324/101‑1 (MQ=255) ggTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttg > 1:5516871/1‑101 (MQ=255) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgc > 1:5516878/1‑101 (MQ=255) ttATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcct > 2:5516882/1‑101 (MQ=255) ttATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcct > 1:5516883/1‑101 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg > 2:5516887/1‑81 (MQ=255) ccccGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGggcgg > 2:5516893/1‑90 (MQ=255) ccccGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGca < 1:5516411/101‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcc < 1:5516145/101‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcc > 2:5516898/1‑101 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGACCTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGACCTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca < 1:5516241/101‑1 (MQ=39) gCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca > 1:5516904/1‑101 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca > 2:5516903/1‑101 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516608/101‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516312/101‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516265/101‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516386/101‑1 (MQ=255) 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gcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCca > 1:5516920/1‑101 (MQ=255) cgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCcag > 2:5516925/1‑101 (MQ=255) ggggAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCg < 1:5516191/55‑1 (MQ=255) ggAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGaa > 1:5516932/1‑66 (MQ=255) gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 2:5516249/101‑1 (MQ=255) gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 1:5516309/101‑1 (MQ=255) gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 2:5516434/101‑1 (MQ=255) aaCTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516934/1‑50 (MQ=255) 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1:5516958/1‑55 (MQ=25) ggATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATcccc < 1:5516377/101‑1 (MQ=255) gATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCg < 1:5516548/101‑1 (MQ=255) aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 1:5516967/1‑38 (MQ=38) aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc < 2:5516407/101‑1 (MQ=255) aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc < 1:5516166/101‑1 (MQ=255) aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc > 2:5516963/1‑101 (MQ=255) tAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516970/1‑37 (MQ=38) aaTGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTg < 1:5516063/101‑1 (MQ=255) 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1:5516497/101‑1 (MQ=255) cATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACt < 1:5515832/101‑1 (MQ=255) aTGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTc > 1:5516996/1‑101 (MQ=255) | ACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTC > NC_000913/2877839‑2878034 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |