| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 196,489 | A→G | V271V (GTA→GTG) | cdsA → | CDP‑diglyceride synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 196,489 | 0 | A | G | 99.4% | 1321.6 / ‑5.3 | 342 | V271V (GTA→GTG) | cdsA | CDP‑diglyceride synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (167/173); minor base T (0/2); total (167/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AGTATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTACCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTTCTCTGGGATTTGGCTTCGTTCATCGTTGC > NC_000913/196391‑196586 | gTATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCg < 2:385874/101‑1 (MQ=255) tATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCgg < 1:385779/101‑1 (MQ=255) tATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCgg > 2:386263/1‑101 (MQ=255) tGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTc < 1:385807/101‑1 (MQ=255) tGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTc > 2:386268/1‑101 (MQ=255) tttAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCtt > 1:386271/1‑101 (MQ=255) ttAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCttt < 2:385679/101‑1 (MQ=255) ttAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCttt < 2:385785/101‑1 (MQ=255) ttAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCttt < 2:385938/101‑1 (MQ=255) tAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTttg < 2:385520/101‑1 (MQ=255) tAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTttg < 2:385708/101‑1 (MQ=255) aaGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTttgc > 2:386275/1‑101 (MQ=255) aGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTttgct > 1:386277/1‑101 (MQ=255) gTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTACATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTttgcttgc > 2:386281/1‑101 (MQ=255) aGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCttgt > 2:386287/1‑101 (MQ=255) cAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCttgt < 1:386104/99‑1 (MQ=255) aGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTtgttgt > 2:386295/1‑101 (MQ=255) aGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTtgttgt < 2:385829/101‑1 (MQ=255) aGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTtgttgt > 1:386292/1‑101 (MQ=255) aGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTtgttgt > 1:386296/1‑101 (MQ=255) ggAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTgttgtt < 2:385849/101‑1 (MQ=255) 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2:386310/1‑101 (MQ=255) cAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCa > 2:386316/1‑101 (MQ=255) aGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAg > 1:386319/1‑101 (MQ=255) aGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAg < 2:385984/101‑1 (MQ=255) aGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAg < 2:386018/101‑1 (MQ=255) aGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAg < 2:385733/101‑1 (MQ=255) gCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAgg < 1:386077/101‑1 (MQ=255) gCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATAGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGCGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAgg > 2:386321/1‑101 (MQ=255) cGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGa > 1:386324/1‑101 (MQ=255) cGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGa < 1:385665/101‑1 (MQ=255) ggTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTTCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGAc < 2:385609/101‑1 (MQ=255) ggTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGAc > 1:386327/1‑101 (MQ=255) ggTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGAc < 1:385560/101‑1 (MQ=255) tCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGc > 2:386333/1‑101 (MQ=255) cATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCt < 1:385851/101‑1 (MQ=255) cATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCt > 1:386334/1‑101 (MQ=255) cATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCt > 1:386337/1‑101 (MQ=255) tttAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCttt < 2:385698/101‑1 (MQ=255) tttAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCttt > 1:386343/1‑101 (MQ=255) tAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTaa > 2:386346/1‑101 (MQ=255) ttCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACgg > 1:386351/1‑101 (MQ=255) aGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAgg > 2:386353/1‑101 (MQ=255) acacGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTaa > 1:386356/1‑101 (MQ=255) 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1:386366/1‑101 (MQ=255) ggtATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTg < 2:385799/101‑1 (MQ=255) gtATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGa < 2:385859/101‑1 (MQ=255) tATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAg > 2:386370/1‑101 (MQ=255) ttttAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGtt < 2:385812/101‑1 (MQ=255) ttttAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGtt > 1:386374/1‑101 (MQ=255) ttttAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGtt < 2:385918/101‑1 (MQ=255) aGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTtct > 2:386377/1‑101 (MQ=255) 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2:385947/101‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTTCTCTGGGATTTGGCTTCGTTCATCGTTg > 1:386429/1‑101 (MQ=255) ggTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTTCTCTGGGATTTGGCTTCGTTCATCGTTGc < 1:385695/101‑1 (MQ=255) ggTGCCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTTCTCTGGGATTTGGCTTCGTTCATCGTTGc < 2:386032/101‑1 (MQ=255) | AGTATGTTTAAGCGTGAAGCAGGAATTAAGGACAGCGGTCATTTAATTCCAGGACACGGTGGTATTTTAGATCGTATTGATAGCCTGACGGCTGCGGTACCGGTCTTTGCTTGCTTGTTGTTACTGGTATTCAGGACGCTTTAACGGAAGGTAATATGCTGAGTTTTCTCTGGGATTTGGCTTCGTTCATCGTTGC > NC_000913/196391‑196586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |