Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,532,857 | G→A | A14T (GCT→ACT) | pck → | phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,532,857 | 0 | G | A | 99.8% | 1670.4 / NA | 394 | A14T (GCT→ACT) | pck | phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (210/183); total (210/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
TAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGGCTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGAGCG > NC_000913/3532759‑3532954 | aaCACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACtt < 1:6810926/101‑1 (MQ=255) aaCACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACtt < 2:6811276/101‑1 (MQ=255) aaCACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACtt > 1:6811770/1‑101 (MQ=255) acacCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTa > 2:6811773/1‑101 (MQ=255) acCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATg > 2:6811780/1‑101 (MQ=255) ccccAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGt < 2:6810903/101‑1 (MQ=255) ccccAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGt > 2:6811789/1‑101 (MQ=255) cccAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTa < 2:6811029/101‑1 (MQ=255) cccAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTa < 1:6811225/101‑1 (MQ=255) ccAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTAt < 1:6811136/101‑1 (MQ=255) cAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATc < 1:6811363/101‑1 (MQ=255) cAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATc > 1:6811791/1‑101 (MQ=255) aaaaaGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCa > 2:6811795/1‑101 (MQ=255) aaaaaGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTCACCCCGCAAGAACTCGATACTTATgg < 1:6811310/96‑1 (MQ=255) aaaaGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAg > 2:6811800/1‑101 (MQ=255) aaGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTg > 1:6811803/1‑101 (MQ=255) aGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGa > 1:6811809/1‑101 (MQ=255) gACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGAc < 1:6811626/101‑1 (MQ=255) gACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGAc > 2:6811812/1‑101 (MQ=255) cTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGt < 2:6811671/101‑1 (MQ=255) tttACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTa < 2:6811078/101‑1 (MQ=255) tttACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTa > 1:6811815/1‑101 (MQ=255) ttACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTAc > 2:6811823/1‑101 (MQ=255) ttACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTAc > 1:6811821/1‑101 (MQ=255) cTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATg > 1:6811828/1‑101 (MQ=255) tATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGa < 1:6810708/101‑1 (MQ=255) tATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGa > 2:6811830/1‑101 (MQ=255) aTTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGat < 2:6811129/101‑1 (MQ=255) ttCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGata > 2:6811835/1‑101 (MQ=255) ttCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGata < 2:6811243/101‑1 (MQ=255) tCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGatat < 2:6811147/101‑1 (MQ=255) tCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGatat < 2:6811287/101‑1 (MQ=255) cAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATc < 1:6811389/101‑1 (MQ=255) cAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATc > 1:6811838/1‑101 (MQ=255) cAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGttt < 1:6811186/101‑1 (MQ=255) aaTACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTa > 1:6811844/1‑101 (MQ=255) aTACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTAc > 2:6811847/1‑101 (MQ=255) aCATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACaa < 1:6810842/101‑1 (MQ=255) cATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAAc > 1:6811851/1‑101 (MQ=255) atatTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAAcc > 2:6811854/1‑101 (MQ=255) tatTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAAccc < 2:6811108/101‑1 (MQ=255) ttGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCaa < 2:6811259/101‑1 (MQ=255) ttGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCaa < 1:6811275/101‑1 (MQ=255) ttGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCaa > 1:6811857/1‑101 (MQ=255) gCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCt > 1:6811864/1‑101 (MQ=255) gCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCt > 2:6811865/1‑101 (MQ=255) tAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCt < 1:6811042/99‑1 (MQ=255) aaGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACg > 1:6811873/1‑101 (MQ=255) aaGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACg > 2:6811871/1‑101 (MQ=255) 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2:6811950/1‑101 (MQ=255) ccGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGAc < 1:6811143/101‑1 (MQ=255) cGCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACa < 2:6811214/101‑1 (MQ=255) gCAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAg > 1:6811955/1‑101 (MQ=255) cAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTa < 1:6811052/47‑1 (MQ=255) cAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTg > 1:6811961/1‑96 (MQ=255) cAAGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAgg > 2:6811957/1‑101 (MQ=255) aaGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGt < 1:6811257/101‑1 (MQ=255) aGAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGtt > 2:6811966/1‑101 (MQ=255) gAACTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTa < 2:6811450/101‑1 (MQ=255) aaCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTAt > 1:6811970/1‑101 (MQ=255) aaCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTAt < 1:6811776/101‑1 (MQ=255) aaCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTAt < 2:6811432/101‑1 (MQ=255) aCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAg < 2:6811334/70‑1 (MQ=255) aCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATg > 2:6811973/1‑101 (MQ=255) aCTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATg < 1:6811197/101‑1 (MQ=255) cTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGa < 1:6811423/101‑1 (MQ=255) cTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGa < 1:6811535/101‑1 (MQ=255) cTCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGa < 2:6811166/101‑1 (MQ=255) tCGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGAg < 1:6811783/101‑1 (MQ=255) cGAGACTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGAgc < 1:6811486/101‑1 (MQ=255) gagaCTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTa < 1:6811294/95‑1 (MQ=255) gagaCTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGAgcg < 1:6811245/101‑1 (MQ=255) | TAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAATGGTTTGACCCCGCAAGAACTCGAGGCTTATGGTATCAGTGACGTACATGATATCGTTTACAACCCAAGCTACGACCTGCTGTATCAGGAAGAGCTCGATCCGAGCCTGACAGGTTATGAGCG > NC_000913/3532759‑3532954 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |