| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 583,763 | (A)8→7 | coding (83/750 nt) | appY → | DNA‑binding transcriptional activator AppY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 583,756 | 0 | A | . | 99.8% | 2122.9 / ‑3.2 | 406 | coding (76/750 nt) | appY | DNA‑binding transcriptional activator AppY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (182/223); total (182/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 455 total aligned reads displayed.
GTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAACAT > NC_000913/583656‑583852 | ttttAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaa > 2:998150/1‑101 (MQ=255) tttAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaa < 2:997445/101‑1 (MQ=255) tttAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaa < 2:997222/101‑1 (MQ=255) ttAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaaa < 2:997645/101‑1 (MQ=255) tAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaaaa > 1:998157/1‑101 (MQ=255) tAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCaaaaa < 2:998052/101‑1 (MQ=255) 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> 1:998269/1‑101 (MQ=255) gTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGcc > 1:998274/1‑101 (MQ=255) tCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGccc > 2:998278/1‑101 (MQ=255) tCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGccc < 2:997465/101‑1 (MQ=255) cAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGcccc < 2:997580/101‑1 (MQ=255) cAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGcccc < 2:997673/101‑1 (MQ=255) aaTCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCct < 2:997724/101‑1 (MQ=255) aTCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCctc > 2:998284/1‑101 (MQ=255) 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1:997822/101‑1 (MQ=255) ctcGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAAc < 1:997659/101‑1 (MQ=255) tcGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAACa > 1:998355/1‑101 (MQ=255) tcGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAACa < 2:997552/101‑1 (MQ=255) cGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAAtt < 2:997492/79‑1 (MQ=255) cGTTC‑AAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAACAt < 1:997972/101‑1 (MQ=255) | GTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCATTTGATTTAATTATAAACAGGAGAGTTATCTCGTTCAAAAAAAATTCATTGTTTATTGTAAGCGACAAAATTAGAAGGGAGTTACCAGTATGCCCCTCTAAACTAAGAATTGTTGATATAGATAAGAAAACAT > NC_000913/583656‑583852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |