| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,217,796 | Δ1 bp | coding (469/1524 nt) | pdeG → | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,217,793 | 0 | G | . | 99.7% | 1536.5 / ‑2.6 | 294 | coding (466/1524 nt) | pdeG | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (155/138); total (156/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGAC > NC_000913/1217693‑1217889 | ccAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgg > 1:2049443/1‑101 (MQ=255) ccAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgg < 1:2049128/101‑1 (MQ=255) cAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTggg > 2:2049445/1‑101 (MQ=255) cAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTg > 1:2049447/1‑99 (MQ=255) cAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgggcac < 2:2048977/101‑4 (MQ=255) cAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgggcac < 2:2048922/101‑4 (MQ=255) aaTCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgggcact > 2:2049451/1‑97 (MQ=255) aaTCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgggcact > 1:2049454/1‑97 (MQ=255) aTCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACtt > 2:2049458/1‑101 (MQ=255) tCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTa > 1:2049459/1‑101 (MQ=255) cGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTaa < 2:2049103/101‑1 (MQ=255) gACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAAt < 2:2048844/101‑1 (MQ=255) gACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAAt > 1:2049462/1‑101 (MQ=255) acacCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATg > 1:2049466/1‑101 (MQ=255) acCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTa > 1:2049472/1‑101 (MQ=255) cGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATg < 1:2049343/97‑1 (MQ=255) gTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTAccc < 1:2048742/101‑1 (MQ=255) gTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTAccc > 2:2049477/1‑101 (MQ=255) aTAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGa > 1:2049480/1‑101 (MQ=255) tAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGaa < 1:2049070/101‑1 (MQ=255) gATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAg > 1:2049484/1‑101 (MQ=255) gATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAg > 2:2049485/1‑101 (MQ=255) aTTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAgg < 1:2048557/101‑1 (MQ=255) tACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAgggg > 2:2049489/1‑101 (MQ=255) aCCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGt < 1:2048889/101‑1 (MQ=255) cTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTaa < 2:2049078/101‑1 (MQ=255) cTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTaa > 1:2049493/1‑101 (MQ=255) aTCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAgg < 2:2048948/101‑1 (MQ=255) aTCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAgg > 1:2049497/1‑101 (MQ=255) tCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGgt > 2:2049499/1‑101 (MQ=255) tGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGgtatg > 1:2049502/1‑101 (MQ=255) tctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTg > 1:2049508/1‑63 (MQ=255) tctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGgtatgtat < 1:2049327/101‑1 (MQ=255) tctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGgtatgtat > 2:2049507/1‑101 (MQ=255) tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTa < 1:2049235/101‑1 (MQ=255) tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTa > 1:2049515/1‑101 (MQ=255) tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTa > 1:2049512/1‑101 (MQ=255) aTCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAc < 1:2048933/101‑1 (MQ=255) tCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcg < 1:2048997/101‑1 (MQ=255) cAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcgc > 1:2049519/1‑101 (MQ=255) cAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcgc < 1:2049019/101‑1 (MQ=255) aGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcgcg > 2:2049524/1‑101 (MQ=255) aGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcgcg > 1:2049523/1‑101 (MQ=255) gAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGt < 1:2049213/101‑1 (MQ=255) aaCCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTAcg > 1:2049528/1‑97 (MQ=255) aaCCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTg < 1:2049048/101‑1 (MQ=255) ccAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGc > 1:2049531/1‑101 (MQ=255) ccAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGc < 2:2049117/101‑1 (MQ=255) cAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCg < 2:2049086/101‑1 (MQ=255) cAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCg > 1:2049536/1‑101 (MQ=255) aaTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACtt < 2:2048871/58‑1 (MQ=255) aaTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCgg > 2:2049537/1‑101 (MQ=255) aaTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCgg < 1:2049106/101‑1 (MQ=255) aTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGa < 2:2049125/101‑1 (MQ=255) aTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGa > 1:2049540/1‑101 (MQ=255) aTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGa < 2:2049046/101‑1 (MQ=255) tttGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGAt < 2:2049266/101‑1 (MQ=255) ttGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCgg > 2:2049546/1‑98 (MQ=255) ttGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGAt < 1:2048981/100‑1 (MQ=255) ttGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATg < 2:2049000/101‑1 (MQ=255) ttGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATg > 1:2049545/1‑101 (MQ=255) cAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACa > 1:2049553/1‑101 (MQ=255) cAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACa > 2:2049551/1‑101 (MQ=255) aGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGaa > 1:2049559/1‑65 (MQ=255) aTACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACatta > 2:2049561/1‑101 (MQ=255) 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aGCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGtgatgtgatg < 2:2049030/101‑1 (MQ=255) gCGATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACggg > 2:2049602/1‑90 (MQ=255) gATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACg > 1:2049604/1‑101 (MQ=255) gATCAGCATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACg < 2:2048741/101‑1 (MQ=255) cATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAAt > 2:2049609/1‑101 (MQ=255) cATATTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAAt < 1:2049179/101‑1 (MQ=255) atatTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg < 1:2049084/101‑1 (MQ=255) atatTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg < 2:2049333/101‑1 (MQ=255) atatTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg > 1:2049613/1‑101 (MQ=255) tatTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATgg < 1:2049304/101‑1 (MQ=255) atTCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGa < 1:2048955/101‑1 (MQ=255) ttCGT‑GGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGAc < 1:2049248/101‑1 (MQ=255) | TCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGAC > NC_000913/1217693‑1217889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |