| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,424,909 | (A)7→6 | intergenic (‑118/‑209) | yjfY ← / → rpsF | DUF1471 domain‑containing protein YjfY/30S ribosomal subunit protein S6 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,424,903 | 0 | A | . | 99.8% | 2224.2 / ‑2.1 | 413 | intergenic (‑112/‑215) | yjfY/rpsF | DUF1471 domain‑containing protein YjfY/30S ribosomal subunit protein S6 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (205/207); total (205/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
CGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTA > NC_000913/4424803‑4424999 | cGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCa > 2:8568434/1‑101 (MQ=255) aCGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaa > 1:8568442/1‑101 (MQ=255) cGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaa < 1:8567934/101‑1 (MQ=255) ggCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaa > 2:8568446/1‑101 (MQ=255) ggCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaa < 1:8567105/101‑1 (MQ=255) gCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaa > 1:8568449/1‑101 (MQ=255) gCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaa < 2:8567834/101‑1 (MQ=255) gCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaa < 2:8567428/101‑1 (MQ=255) tGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaaca < 1:8567875/101‑3 (MQ=255) gACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaacac > 1:8568459/1‑98 (MQ=255) aCTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaaaaaacacc > 1:8568463/1‑97 (MQ=255) cTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCa < 2:8567781/101‑1 (MQ=255) tgtgtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCatga > 2:8568470/1‑101 (MQ=255) gtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCAtgatga > 1:8568471/1‑101 (MQ=255) gtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCAtgatga < 2:8568077/101‑1 (MQ=255) tgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGaa < 1:8567817/101‑1 (MQ=255) tgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGaa < 1:8567809/101‑1 (MQ=255) ctctCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAgt > 2:8568480/1‑101 (MQ=255) ctctCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAgt < 2:8567799/101‑1 (MQ=255) ctcctcTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAgtgt > 2:8568485/1‑101 (MQ=255) 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tcttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAAt > 1:8568515/1‑101 (MQ=255) tcttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAAt > 2:8568512/1‑101 (MQ=255) cttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATc > 2:8568518/1‑101 (MQ=255) ttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCa > 1:8568525/1‑101 (MQ=255) ctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGc > 1:8568532/1‑101 (MQ=255) ctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGc > 2:8568531/1‑101 (MQ=255) gATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCgt < 2:8568173/101‑1 (MQ=255) 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aattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTag > 2:8568547/1‑101 (MQ=255) attttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTaga > 1:8568552/1‑101 (MQ=255) ttttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTagag < 2:8568197/101‑1 (MQ=255) ttttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTagag < 1:8567956/101‑1 (MQ=255) ttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGt > 2:8568558/1‑101 (MQ=255) taatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGtt < 2:8567859/101‑1 (MQ=255) taatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGtt > 1:8568560/1‑101 (MQ=255) 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2:8568100/101‑1 (MQ=255) agaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAggg > 1:8568604/1‑101 (MQ=255) gaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAgggg < 2:8567475/101‑1 (MQ=255) gaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAgggg > 2:8568607/1‑101 (MQ=255) agTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag < 2:8568050/101‑1 (MQ=255) agTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag > 1:8568613/1‑101 (MQ=255) gTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgaga < 1:8568328/101‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgaga < 2:8568457/101‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgaga < 1:8567408/101‑1 (MQ=255) ttGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGat > 1:8568619/1‑101 (MQ=255) tGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatt > 2:8568620/1‑101 (MQ=255) ggTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttatt < 1:8567947/101‑1 (MQ=255) gTGATCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt < 1:8567995/101‑1 (MQ=255) tGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc > 2:8568625/1‑101 (MQ=255) tGACCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc < 2:8568230/101‑1 (MQ=255) aCCATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCgg > 1:8568631/1‑101 (MQ=255) ccATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGc < 1:8568117/101‑1 (MQ=255) cATTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGct < 2:8568154/101‑1 (MQ=255) aTTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGctc > 2:8568640/1‑101 (MQ=255) aTTTCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGctc > 1:8568638/1‑101 (MQ=255) tttCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGctct > 2:8568645/1‑101 (MQ=255) tttCTGATGCAGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGctct < 1:8568145/101‑1 (MQ=255) 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aGTTGTTC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGt < 1:8568185/101‑1 (MQ=255) gttgttC‑AAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGtt > 1:8568665/1‑101 (MQ=255) | CGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTA > NC_000913/4424803‑4424999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |