Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,758,577 | G→T | N8K (AAC→AAA) | yfjH ← | CP4‑57 prophage; protein YfjH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,758,577 | 0 | G | T | 99.6% | 2056.8 / 0.1 | 479 | N8K (AAC→AAA) | yfjH | CP4‑57 prophage; protein YfjH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (274/203); total (275/204) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
TTTCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGGTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAATACTAC > NC_000913/2758479‑2758674 | ttCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGtttt > 2:5011889/1‑101 (MQ=255) tCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGTtttt < 2:5011583/101‑1 (MQ=255) tCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGTtttt > 2:5011895/1‑101 (MQ=255) tCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGTtttt > 1:5011896/1‑101 (MQ=255) tACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGTtttttt < 1:5011225/101‑1 (MQ=255) aaTTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGTTTTTTTGCCt < 2:5011340/101‑1 (MQ=255) 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tttGGTACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTa > 1:5012145/1‑101 (MQ=255) ttGGTACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAg > 2:5012147/1‑101 (MQ=255) tGGTACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGa > 1:5012154/1‑101 (MQ=255) ggTACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGaa > 2:5012156/1‑101 (MQ=255) tACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAAta < 1:5011294/101‑1 (MQ=255) tACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAAta < 2:5011230/101‑1 (MQ=255) tACATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAAta > 1:5012163/1‑101 (MQ=255) aCATGGTTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAAtac > 2:5012166/1‑101 (MQ=255) | TTTCTACAAATTTGTTCATAAAAATCATTCAGAGAAATCATAAAACCACCATAAATCAATGTATTAGAGGTTGTAAAAATTGTATTTTTGGTACATGGGTTTTTTGCCTTAAAGATACCCATTAATCTCTCTGCAACCAAAGTGAACCAATGAGAGGCAACAAGAATGAACAATCGATCGGCCGTTAGAATACTAC > NC_000913/2758479‑2758674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |