Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,413,548 A→G intergenic (‑83/‑316) envR ← / → acrE DNA‑binding transcriptional repressor EnvR/multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrE

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,413,5480AG100.0% 2291.1 / NA 529intergenic (‑83/‑316)envR/acrEDNA‑binding transcriptional repressor EnvR/multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrE
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                                                                           cTATCACCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATc                     >  1:6363343/1‑101 (MQ=255)
                                                                              tCACCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAat                  >  2:6363349/1‑101 (MQ=255)
                                                                               cACCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAata                 >  1:6363353/1‑101 (MQ=255)
                                                                               cACCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAata                 <  1:6362332/101‑1 (MQ=255)
                                                                                aCCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatat                <  1:6362952/101‑1 (MQ=255)
                                                                                aCCTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatat                >  2:6363359/1‑101 (MQ=255)
                                                                                  cTAATGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatatat              <  1:6362627/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    aaTGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatatatat            >  1:6363366/1‑101 (MQ=255)
                                                                                    aaTGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatatatat            <  1:6362257/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    aaTGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAatatatat            >  2:6363369/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     aTGTGTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATAtt           <  1:6363011/101‑1 (MQ=255)
                                                                                      tgtgTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATAttt          <  1:6362707/101‑1 (MQ=255)
                                                                                      tgtgTATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATAttt          >  2:6363376/1‑101 (MQ=255)
                                                                                       gtgtATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTc         <  2:6362269/101‑1 (MQ=255)
                                                                                         gtATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCaa       <  2:6362674/101‑1 (MQ=255)
                                                                                          tATTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAAt      <  2:6362737/101‑1 (MQ=255)
                                                                                           aTTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAAtt     <  2:6362833/101‑1 (MQ=255)
                                                                                           aTTTATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAAtt     <  2:6362652/101‑1 (MQ=255)
                                                                                            tttATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAAttt    <  1:6362732/101‑1 (MQ=255)
                                                                                            tttATGCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAAttt    <  2:6362638/101‑1 (MQ=255)
                                                                                              tatgCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTAc  <  2:6362937/101‑1 (MQ=255)
                                                                                                 |                                                                                                 
GGTTCTTTTTGCCATGATTAATTATTCAGGAAATAAATATATTCGACACAGAGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTAC  >  NC_000913/3413451‑3413645

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: