| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 150,649 | Δ1 bp | coding (305/1239 nt) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 150,646 | 0 | T | . | 99.7% | 1785.1 / ‑2.3 | 337 | coding (308/1239 nt) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (215/121); total (216/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
AGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGTACATTT > NC_000913/150546‑150742 | gaccagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAtt > 1:283440/1‑101 (MQ=255) accagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAttt > 2:283441/1‑101 (MQ=255) ccagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAtttc < 1:283033/101‑2 (MQ=255) cagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAtttca > 2:283447/1‑99 (MQ=255) cagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAtttca > 1:283448/1‑99 (MQ=255) agaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAtttcaa > 1:283455/1‑98 (MQ=255) 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1:283136/101‑1 (MQ=255) aCATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAg > 1:283493/1‑101 (MQ=255) cATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAgg > 2:283499/1‑101 (MQ=255) cATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAgg > 1:283498/1‑101 (MQ=255) aTGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGa > 1:283503/1‑101 (MQ=255) tGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGAt < 1:282336/101‑1 (MQ=255) tGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGAt > 2:283508/1‑101 (MQ=255) ggTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGAtt < 1:283073/101‑1 (MQ=255) 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2:282871/101‑1 (MQ=255) tACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTg > 2:283526/1‑101 (MQ=255) cAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGcc > 2:283530/1‑101 (MQ=255) cAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGcc > 1:283532/1‑101 (MQ=255) aGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCa > 1:283537/1‑101 (MQ=255) aCCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAg > 2:283541/1‑101 (MQ=255) aCCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGa < 1:283187/101‑1 (MQ=255) cAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATg > 2:283545/1‑101 (MQ=255) 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aTAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCa > 2:283657/1‑101 (MQ=255) tAGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAg > 1:283660/1‑101 (MQ=255) aGACCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGt > 2:283664/1‑101 (MQ=255) aCCATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGTAc < 1:283266/101‑1 (MQ=255) cATGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGTACAt > 2:283669/1‑101 (MQ=255) aTGGCA‑TTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGTACAtt > 1:283672/1‑101 (MQ=255) | AGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTATTGCAGTAAAGAATACCACCACCGGTACCTGTATCCAGGTATGACCAGTACATTT > NC_000913/150546‑150742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |