| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 577,022 | C→T | intergenic (‑197/‑376) | nmpC ← / → essD | DLP12 prophage; putative outer membrane porin NmpC/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 577,022 | 0 | C | T | 99.8% | 2040.4 / NA | 475 | intergenic (‑197/‑376) | nmpC/essD | DLP12 prophage; putative outer membrane porin NmpC/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (245/229); total (246/229) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 475 total aligned reads displayed.
TCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTAT > NC_000913/576924‑577119 | tctcGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCa > 2:1081592/1‑101 (MQ=255) tcGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAAt > 1:1081597/1‑101 (MQ=255) cGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAAtt > 2:1081600/1‑101 (MQ=255) gTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAAttt < 2:1080554/101‑1 (MQ=255) tttGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTta < 1:1080705/101‑1 (MQ=255) tttGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTta > 2:1081609/1‑101 (MQ=255) gATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTatat > 1:1081613/1‑101 (MQ=255) gATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTatat < 1:1081047/101‑1 (MQ=255) aTTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATAtt < 1:1080830/101‑1 (MQ=255) aTTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATAtt < 2:1080943/101‑1 (MQ=255) tttGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTa > 2:1081619/1‑101 (MQ=255) ttGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTaa < 2:1081152/101‑1 (MQ=255) ttGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTaa > 1:1081620/1‑101 (MQ=255) gtgAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACg < 2:1081028/101‑1 (MQ=255) tgAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACgg < 1:1080940/101‑1 (MQ=255) tgAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACgg > 2:1081625/1‑101 (MQ=255) aaGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCt < 1:1080635/101‑1 (MQ=255) gTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGt < 2:1080994/101‑1 (MQ=255) tAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGtt < 1:1081185/101‑1 (MQ=255) aGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGtta > 1:1081634/1‑101 (MQ=255) aGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGtta > 2:1081633/1‑101 (MQ=255) gATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttat < 1:1080522/101‑1 (MQ=255) gATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttat < 2:1081053/101‑1 (MQ=255) aTCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttatt < 2:1080828/101‑1 (MQ=255) aTCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttatt > 1:1081641/1‑101 (MQ=255) tctcTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttattt < 1:1080876/101‑1 (MQ=255) ctctATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGttattta > 2:1081644/1‑101 (MQ=255) 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2:1081668/1‑101 (MQ=255) cTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTg > 2:1081674/1‑95 (MQ=255) cTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCtat > 1:1081672/1‑101 (MQ=255) cTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCtat < 2:1080785/101‑1 (MQ=255) cTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCtat < 1:1080763/101‑1 (MQ=255) tGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCtata < 1:1081008/101‑1 (MQ=255) aCTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAAtt < 2:1080879/101‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAAttt > 1:1081679/1‑101 (MQ=255) 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tATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTc < 1:1080902/101‑1 (MQ=255) tATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTc > 2:1081700/1‑101 (MQ=255) aTCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCa < 1:1081223/101‑1 (MQ=255) aTCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCa > 1:1081705/1‑101 (MQ=255) cGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAAt > 2:1081709/1‑101 (MQ=255) gAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAAtt > 1:1081721/1‑101 (MQ=255) gAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAAtt > 1:1081715/1‑101 (MQ=255) 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tATTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGt > 1:1081830/1‑101 (MQ=255) aTTAGTCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGtt > 2:1081834/1‑101 (MQ=255) | TCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTAT > NC_000913/576924‑577119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |