| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,582,889 | A→G | intergenic (‑365/+37) | ydeN ← / ← ydeO | putative sulfatase/DNA‑binding transcriptional dual regulator YdeO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,582,889 | 0 | A | G | 88.9% | 1039.1 / 102.7 | 324 | intergenic (‑365/+37) | ydeN/ydeO | putative sulfatase/DNA‑binding transcriptional dual regulator YdeO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/22); new base G (149/139); total (163/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GCAAGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTACGCAGCGTGTGTGGTTGACTACTCGTTAGCAAATAATCAAATAGCTAAAGCATTCATCGTGTTGCCCGTATTCATACCCGTGTGACTTTGACAACGG > NC_000913/1582789‑1582986 | gCAAGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTa < 2:2877544/101‑1 (MQ=255) cAAGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTAc > 2:2878305/1‑101 (MQ=255) aaGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTGCg < 2:2877172/101‑1 (MQ=255) aaGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTGCg < 1:2877557/101‑1 (MQ=255) aaGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTGCg > 1:2878308/1‑101 (MQ=255) aGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTgcgc > 1:2878311/1‑101 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GCAAGTGCATAAATATGTGATGGATGTCACTTATTTATTTCAATAAATATATCGCCTAAAAACAACGCGGGGCAGGGAATGGCTGCCCCATTTAATTCTTACGCAGCGTGTGTGGTTGACTACTCGTTAGCAAATAATCAAATAGCTAAAGCATTCATCGTGTTGCCCGTATTCATACCCGTGTGACTTTGACAACGG > NC_000913/1582789‑1582986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |