| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,624,717 | A→G | intergenic (‑220/‑56) | ydeI ← / → ydeJ | BOF family protein YdeI/conserved protein YdeJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,624,717 | 0 | A | G | 88.1% | 1250.0 / 134.8 | 388 | intergenic (‑220/‑56) | ydeI/ydeJ | BOF family protein YdeI/conserved protein YdeJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/26); new base G (184/158); total (204/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
TATACAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGACGAGCATACAGAAAAAGCAAATCACCTTTACATATAAAAGCGTGGACAAAAAACAGTGAACATTAATAGAGATAAAATTGTACAACTTGTAGATACCG > NC_000913/1624618‑1624815 | tataCAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGAc > 2:2948293/1‑101 (MQ=255) ataCAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCg < 2:2947571/101‑1 (MQ=255) cAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGc < 1:2947737/101‑1 (MQ=255) cAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGc < 1:2947771/101‑1 (MQ=255) agagAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCa > 1:2948300/1‑101 (MQ=255) agagAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCa < 2:2947622/101‑1 (MQ=255) agaATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATa < 1:2947754/101‑1 (MQ=255) gaATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATAc > 1:2948305/1‑101 (MQ=255) gaATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATAc > 2:2948304/1‑101 (MQ=255) gaATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGACGAGCATAc < 1:2947596/101‑1 (MQ=255) ttAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATACAGaa < 1:2947800/101‑1 (MQ=255) ttAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATACAGaa > 2:2948311/1‑101 (MQ=255) tAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGGCGAGCATACAGaaa > 1:2948313/1‑101 (MQ=255) 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TATACAGAGAATTTAACTCACTAAAGTTAAGAAGATTGAAAAGTCTTAAACATATTTTCAGAATAATCGGATTTATATGTTTGAAAATTATTATATTGGACGAGCATACAGAAAAAGCAAATCACCTTTACATATAAAAGCGTGGACAAAAAACAGTGAACATTAATAGAGATAAAATTGTACAACTTGTAGATACCG > NC_000913/1624618‑1624815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |