| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 205,511 | T→A | I129N (ATC→AAC) | dnaE → | DNA polymerase III subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 205,511 | 0 | T | A | 99.7% | 1286.7 / NA | 320 | I129N (ATC→AAC) | dnaE | DNA polymerase III subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (163/155); minor base G (0/1); total (163/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TCTGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGATCCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATGAAGAACAC > NC_000913/205413‑205608 | tCTGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAAcc < 1:385298/101‑1 (MQ=255) tGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACctt > 2:385752/1‑101 (MQ=255) tGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACctt < 2:385127/101‑1 (MQ=255) tGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACctt < 2:385045/101‑1 (MQ=255) tGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACctt > 1:385754/1‑101 (MQ=255) aCGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACcttct < 1:385059/101‑1 (MQ=255) aCGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACcttct < 1:385278/101‑1 (MQ=255) cGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACcttctt < 1:385214/101‑1 (MQ=255) cGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACct < 2:385289/97‑1 (MQ=255) ttGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTc > 1:385758/1‑101 (MQ=255) gCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCcg < 1:384724/101‑1 (MQ=255) tGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCcggc > 2:385767/1‑101 (MQ=255) tGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCcgg < 1:385177/100‑1 (MQ=255) gATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCcggcg < 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tctcAAAAGCGTATCAGCGCGGCTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGa > 2:385775/1‑101 (MQ=255) ctcAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGAc > 2:385781/1‑101 (MQ=255) tcAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACg > 1:385782/1‑101 (MQ=255) cAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGc < 2:385406/101‑1 (MQ=255) aaaaGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACg < 1:385156/99‑1 (MQ=255) aaaaGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCa > 2:385785/1‑101 (MQ=255) aaGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATg < 2:385215/101‑1 (MQ=255) gCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATggg > 1:385791/1‑101 (MQ=255) gCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATggc < 1:385383/101‑2 (MQ=255) cGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACctt < 2:385303/80‑1 (MQ=255) cGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGc < 2:385230/101‑1 (MQ=255) cGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGc > 2:385792/1‑101 (MQ=255) tATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGa < 2:385356/101‑1 (MQ=255) aTCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCcggcgg > 1:385797/1‑88 (MQ=255) aTCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGAc < 2:385340/101‑1 (MQ=255) tCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACg < 1:385342/101‑1 (MQ=255) cAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGt > 2:385799/1‑101 (MQ=255) gcgGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGa > 2:385806/1‑101 (MQ=255) gcgGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGa < 2:385423/101‑1 (MQ=255) cgGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCgg > 2:385810/1‑99 (MQ=255) cgGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGAc > 1:385809/1‑101 (MQ=255) gTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCa < 2:385401/101‑1 (MQ=255) tACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAg > 1:385815/1‑101 (MQ=255) 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ccGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGa > 2:385834/1‑81 (MQ=255) cGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCtttt > 2:385837/1‑91 (MQ=255) gATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACa > 1:385839/1‑101 (MQ=255) atcatcGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCgg > 2:385844/1‑77 (MQ=255) tcatcGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCgg > 1:385846/1‑76 (MQ=255) tcatcGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAgc < 2:385455/101‑1 (MQ=255) catcGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAgcg < 1:385432/101‑1 (MQ=255) atcgatcgCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAgcgc > 1:385849/1‑101 (MQ=255) 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1:385869/1‑101 (MQ=255) cgACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAg < 1:385258/101‑1 (MQ=255) aCTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTc < 2:385326/40‑1 (MQ=255) aCTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAg > 2:385874/1‑99 (MQ=255) cTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGt < 2:385538/96‑1 (MQ=255) cTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATg > 1:385875/1‑101 (MQ=255) cTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATg > 2:385878/1‑101 (MQ=255) tGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGa < 2:385189/101‑1 (MQ=255) ggCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAg > 1:385885/1‑96 (MQ=255) 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aaCGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTa < 2:385524/101‑1 (MQ=255) aaCGAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTa < 2:385261/101‑1 (MQ=255) gAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTa > 2:385912/1‑78 (MQ=255) gAAGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATga < 2:385362/101‑1 (MQ=255) aGGGTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATgaag > 2:385915/1‑101 (MQ=255) gggTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATgaaga > 1:385916/1‑101 (MQ=255) gTTGAACCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATGAAGAac > 1:385920/1‑101 (MQ=255) ttGAACCTTTTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTc < 2:385275/36‑1 (MQ=37) | TCTGACGTTGCTGATCTCAAAAGCGTATCAGCGCGGGTACGGTGCCGCCGGGCCGATCATCGATCGCGACTGGCTTATCGAATTAAACGAAGGGTTGATCCTTCTTTCCGGCGGACGCATGGGCGACGTCGGACGCAGTCTTTTGCGTGGTAACAGCGCGCTGGTAGATGAGTGTGTCGCGTTTTATGAAGAACAC > NC_000913/205413‑205608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |