| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,762,152 | G→A | G463G (GGC→GGT) | abpB ← | CP4‑57 prophage; putative helicase YfjK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,762,152 | 0 | G | A | 99.7% | 1461.0 / NA | 357 | G463G (GGC→GGT) | abpB | CP4‑57 prophage; putative helicase YfjK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (159/197); minor base C (0/1); total (159/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
ACACGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATGCCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATGC > NC_000913/2762054‑2762249 | cacGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATAccc < 2:4977342/101‑1 (MQ=255) cacGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATAccc < 2:4977183/101‑1 (MQ=255) acGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCt < 1:4977265/101‑1 (MQ=255) acGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCt > 2:4978004/1‑101 (MQ=255) acGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCt > 1:4978007/1‑101 (MQ=255) cGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTg > 2:4978009/1‑101 (MQ=255) ggTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGa > 1:4978012/1‑101 (MQ=255) gTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGaa < 1:4977614/101‑1 (MQ=255) tCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAAt < 2:4977536/101‑1 (MQ=255) tCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAAt > 1:4978017/1‑101 (MQ=255) cGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATa < 2:4977629/101‑1 (MQ=255) gTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATAc < 2:4977638/101‑1 (MQ=255) tttATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATAcc > 2:4978021/1‑101 (MQ=255) tttATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATAcc > 1:4978024/1‑101 (MQ=255) ttATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATAcct < 2:4977469/101‑2 (MQ=255) ttATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCg > 2:4978029/1‑101 (MQ=255) tATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGa > 1:4978031/1‑101 (MQ=255) aTGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAg < 1:4977241/101‑1 (MQ=255) aTGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAg < 1:4977562/101‑1 (MQ=255) aTGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAg < 1:4977596/101‑1 (MQ=255) gAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCg < 1:4977442/101‑1 (MQ=255) aaaCCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGa < 2:4977380/101‑1 (MQ=255) aaaCCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGa > 2:4978037/1‑101 (MQ=255) aaaCCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGa > 1:4978036/1‑101 (MQ=255) aaCCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGaa > 2:4978044/1‑101 (MQ=255) aaCCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGaa > 1:4978043/1‑101 (MQ=255) ccTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAata > 1:4978048/1‑101 (MQ=255) 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gATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttga > 1:4978067/1‑101 (MQ=255) gATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttga < 1:4977576/101‑1 (MQ=255) tCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgatt > 2:4978069/1‑101 (MQ=255) tCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgatt < 2:4977313/101‑1 (MQ=255) tCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgatt < 1:4977476/101‑1 (MQ=255) ccTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgattg < 2:4977457/101‑1 (MQ=255) cTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgattga > 2:4978075/1‑101 (MQ=255) 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aaaCTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGt > 2:4978085/1‑101 (MQ=255) aaCTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCttgattg > 1:4978087/1‑93 (MQ=255) aCTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCt < 1:4977407/101‑1 (MQ=255) tCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTc < 2:4977900/101‑1 (MQ=255) cGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTcc > 1:4978094/1‑101 (MQ=255) cGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTcc > 2:4978093/1‑101 (MQ=255) ggACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCg < 2:4977359/101‑1 (MQ=255) ggACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCg > 2:4978097/1‑101 (MQ=255) gACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCgg < 1:4977641/101‑1 (MQ=255) cAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGa < 2:4977523/101‑1 (MQ=255) aaGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGAt > 1:4978102/1‑101 (MQ=255) gTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGAttt > 2:4978105/1‑101 (MQ=255) tGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTtc < 1:4977771/101‑1 (MQ=255) ggTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTtcc < 1:4976898/101‑1 (MQ=255) ggTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTtcc > 1:4978108/1‑101 (MQ=255) 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< 1:4977334/101‑1 (MQ=255) aCGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCaaaa > 1:4978120/1‑101 (MQ=255) cGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAg < 1:4977547/101‑1 (MQ=255) tGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGAtt < 2:4977577/101‑1 (MQ=255) tGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGAtt > 2:4978123/1‑101 (MQ=255) ggCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGAttt > 2:4978127/1‑101 (MQ=255) tAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGc > 2:4978133/1‑101 (MQ=255) tAACAGGTTGATTGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGc > 1:4978131/1‑101 (MQ=255) 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tGGGGTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGaa > 1:4978151/1‑101 (MQ=255) gTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAg < 1:4977653/93‑1 (MQ=255) gTATCAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGcc > 1:4978156/1‑101 (MQ=255) cAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATg < 1:4977306/101‑1 (MQ=255) cAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATg < 2:4977832/101‑1 (MQ=255) cAATACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCAGACGAAGTGAACGCCCATg > 1:4978161/1‑101 (MQ=255) aaTACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATgc < 2:4977688/101‑1 (MQ=255) aaTACCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATgc > 1:4978164/1‑101 (MQ=255) | ACACGGTCGTTTATGAAAACCTCATCAAAGCGATCCTGTGAAAACTCGGACAAGTGGTCTGGTTGAACGCTGGCTAACAGGTTGATTGGGGTATCAATGCCCTGAATACCGAGCGGAATATCCACCTCTTGATTGAGATTGTCTTCCGGGATTTCCTCCAGGCAAAAGATTTTGCCGACGAAGTGAACGCCCATGC > NC_000913/2762054‑2762249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |