| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,991,754 | (A)7→6 | intergenic (‑135/+61) | yecA ← / ← leuZ | UPF0149 family protein YecA/tRNA‑Leu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,991,748 | 0 | A | . | 99.6% | 1296.2 / ‑2.6 | 243 | intergenic (‑129/+67) | yecA/leuZ | UPF0149 family protein YecA/tRNA‑Leu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (168/74); minor base T (1/0); total (169/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGTACCCGGAGCGGGACTTGAACCCGCA > NC_000913/1991648‑1991843 | cAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGcaca > 2:3643993/1‑101 (MQ=255) gCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaa < 2:3643386/101‑1 (MQ=255) cACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaa > 2:3643998/1‑101 (MQ=255) cACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaa < 1:3643505/101‑1 (MQ=255) cACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaa < 2:3643491/101‑1 (MQ=255) aCCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaa > 1:3644000/1‑101 (MQ=255) ccTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaa < 1:3643450/101‑1 (MQ=255) ccTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGAACaaaaaa < 1:3643581/101‑1 (MQ=255) aTCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaacca < 2:3643686/101‑4 (MQ=255) aTCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaacca < 2:3643535/101‑4 (MQ=255) tCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaaccac < 1:3643324/101‑5 (MQ=255) tCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaaccac > 2:3644005/1‑97 (MQ=255) tCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaaccac < 2:3643870/101‑5 (MQ=255) tCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACaaaaaaccac < 2:3643786/101‑5 (MQ=255) aCATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGa > 2:3644008/1‑101 (MQ=255) cATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGaa < 2:3643508/101‑1 (MQ=255) cATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGaa > 1:3644009/1‑101 (MQ=255) tGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAgg > 2:3644014/1‑101 (MQ=255) cGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAggtgg > 1:3644016/1‑101 (MQ=255) ggTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGaa > 2:3644020/1‑95 (MQ=255) 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gagaTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACt > 2:3644041/1‑101 (MQ=255) agaTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTg > 2:3644044/1‑101 (MQ=255) agaTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTg > 2:3644047/1‑101 (MQ=255) gaTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGGAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGc < 1:3643421/101‑1 (MQ=255) aTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCt < 2:3643596/101‑1 (MQ=255) aTACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCt > 2:3644051/1‑101 (MQ=255) tACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCtt > 1:3644055/1‑101 (MQ=255) 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ttGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTAt > 2:3644086/1‑101 (MQ=255) tGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTAtt > 2:3644089/1‑101 (MQ=255) tGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTAtt < 1:3643379/101‑1 (MQ=255) gCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTc > 1:3644090/1‑101 (MQ=255) ggTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTa > 2:3644095/1‑101 (MQ=255) gTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTAt < 2:3643549/101‑1 (MQ=255) gTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCAC‑AAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTAt < 1:3643482/101‑1 (MQ=255) 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1:3643623/48‑1 (MQ=255) | CAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGTACCCGGAGCGGGACTTGAACCCGCA > NC_000913/1991648‑1991843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |