| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 881,517 | C→T | A264V (GCG→GTG) | dacC → | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 881,517 | 0 | C | T | 99.3% | 1185.3 / NA | 306 | A264V (GCG→GTG) | dacC | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (131/172); minor base G (2/0); total (134/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGCCACC > NC_000913/881419‑881614 | tGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGa < 1:1628296/101‑1 (MQ=255) gATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGaa > 1:1628883/1‑101 (MQ=255) gATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGaa < 2:1628310/101‑1 (MQ=255) aTGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGaaa < 1:1628430/101‑1 (MQ=255) aTGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGaaa < 1:1628419/101‑1 (MQ=255) tGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGaaaa < 2:1628391/101‑1 (MQ=255) 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> 2:1628898/1‑101 (MQ=255) gAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAaccgacc > 1:1628900/1‑101 (MQ=255) gAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAaccgacc < 1:1628438/101‑1 (MQ=255) gAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAaccgacc < 2:1628322/101‑1 (MQ=255) gACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAaccgac < 2:1628346/97‑1 (MQ=255) aCAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTAt > 1:1628905/1‑101 (MQ=255) aGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATcc < 1:1628284/101‑1 (MQ=255) aGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATcc < 2:1628264/101‑1 (MQ=255) 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aCGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTaa < 1:1628454/101‑1 (MQ=255) ggCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATg > 1:1628917/1‑101 (MQ=255) ggCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATg < 2:1628376/101‑1 (MQ=255) ggCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGGGAAAACCGACCGTAt > 2:1628918/1‑90 (MQ=255) cAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAg < 1:1628368/101‑1 (MQ=255) cAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAg > 2:1628925/1‑101 (MQ=255) cAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAg > 1:1628923/1‑101 (MQ=255) ggCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTc > 2:1628929/1‑101 (MQ=255) ggCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTc < 2:1628639/101‑1 (MQ=255) ggCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTc < 1:1628180/101‑1 (MQ=255) cgcgGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTg > 1:1628931/1‑101 (MQ=255) cgcgGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTg < 2:1628472/101‑1 (MQ=255) gcgGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTga > 2:1628933/1‑101 (MQ=255) gcgGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTga < 1:1628313/101‑1 (MQ=255) cgGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTgag < 1:1628476/101‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTg < 1:1628103/101‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTg < 1:1628722/101‑1 (MQ=255) tCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGa > 1:1628945/1‑101 (MQ=255) tCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGa > 2:1628946/1‑101 (MQ=255) tCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGa < 2:1628546/101‑1 (MQ=255) ggTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCt > 2:1628951/1‑101 (MQ=255) gTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTg < 1:1628338/101‑1 (MQ=255) 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aTCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAAt < 2:1628572/101‑1 (MQ=255) aTCTCCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAAt < 1:1628527/101‑1 (MQ=255) tcCGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTaa < 1:1628468/101‑1 (MQ=255) ccGTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTaaa > 2:1629009/1‑101 (MQ=255) gTAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAAcc > 1:1629011/1‑101 (MQ=255) tAGTGTTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCt < 2:1628624/101‑1 (MQ=255) gtgtTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGa > 2:1629016/1‑101 (MQ=255) gtTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATg < 1:1628616/101‑1 (MQ=255) gtTGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATg > 1:1629019/1‑101 (MQ=255) tGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGcc < 1:1628509/101‑1 (MQ=255) tGGGGGTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGcc < 2:1628810/101‑1 (MQ=255) ggggTGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGCCAc < 2:1628668/101‑1 (MQ=255) gggTGAAATCCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGc < 2:1628408/97‑1 (MQ=255) | TGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGCCACC > NC_000913/881419‑881614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |