Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	224,700	C→G	noncoding (930/1542 nt)	rrsH →	16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	224,700	0	C	G	100.0%	242.2 / NA	68	noncoding (930/1542 nt)	rrsH	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (41/27);  total (41/27)

GGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGC  >  NC_000913/224672‑224797                             |                                                                                                  ggTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCcaca                           <  1:413580/101‑1 (MQ=11)  gTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAg                          <  1:413534/101‑1 (MQ=14)   ttAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGa                         >  1:414048/1‑101 (MQ=17)   ttAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGa                         >  1:414047/1‑101 (MQ=17)   ttAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGa                         >  1:414046/1‑101 (MQ=17)    tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGaa                        >  2:414051/1‑101 (MQ=17)    tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGaa                        >  1:414049/1‑101 (MQ=17)    tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGaa                        >  2:414050/1‑101 (MQ=17)    tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGaa                        <  2:413840/101‑1 (MQ=17)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       >  1:414052/1‑101 (MQ=18)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       >  2:414053/1‑101 (MQ=18)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       >  2:414054/1‑101 (MQ=18)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       >  2:414055/1‑101 (MQ=18)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       >  2:414056/1‑101 (MQ=18)     aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAAc                       <  1:413584/101‑1 (MQ=18)      aaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACt                      >  1:414057/1‑101 (MQ=25)      aaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACt                      <  2:413636/101‑1 (MQ=25)      aaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACt                      >  2:414058/1‑101 (MQ=25)      aaaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACt                      <  1:413509/101‑1 (MQ=25)       aaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACtt                     >  2:414060/1‑101 (MQ=25)       aaCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACtt                     >  1:414059/1‑101 (MQ=25)        aCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACttt                    >  2:414062/1‑101 (MQ=25)        aCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACttt                    <  2:413615/101‑1 (MQ=25)        aCTCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACttt                    >  2:414061/1‑101 (MQ=25)          tCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTcc                  >  2:414063/1‑101 (MQ=255)          tCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTcc                  >  1:414065/1‑101 (MQ=255)          tCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTcc                  >  1:414064/1‑101 (MQ=255)          tCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTcc                  <  1:413632/101‑1 (MQ=255)          tCAAATGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTcc                  <  1:413463/101‑1 (MQ=255)            aaaTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCag                <  2:413433/101‑1 (MQ=255)            aaaTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCag                <  2:413717/101‑1 (MQ=255)            aaaTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCag                >  1:414066/1‑101 (MQ=255)             aaTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCagc               <  1:413635/101‑2 (MQ=255)             aaTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCaga               >  1:414067/1‑101 (MQ=255)              aTGAATTGGCGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCagag              >  1:414071/1‑101 (MQ=255)              aTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCagag              >  2:414069/1‑101 (MQ=255)              aTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCagag              >  1:414070/1‑101 (MQ=255)              aTGAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCagag              >  1:414068/1‑101 (MQ=255)               ttaaTTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAgaga             >  1:414072/3‑101 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            <  1:413462/101‑1 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            <  1:413602/101‑1 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            <  1:413868/101‑1 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            >  1:414074/1‑101 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            >  1:414073/1‑101 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            <  1:413680/101‑1 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            >  2:414075/1‑101 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            >  2:414076/1‑101 (MQ=255)                gAATTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGAt            <  2:413625/101‑1 (MQ=255)                 aaTTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGGACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATg           >  2:414078/1‑101 (MQ=255)                 aaTTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATg           <  1:413777/101‑1 (MQ=255)                 aaTTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATg           >  2:414077/1‑101 (MQ=255)                  aTTGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATg           >  1:414079/1‑100 (MQ=255)                   ttGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGa         >  2:414080/1‑101 (MQ=255)                   ttGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGa         >  1:414081/1‑101 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        >  1:414082/1‑101 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAgaga             <  1:413629/96‑1 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        <  1:413650/101‑1 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        <  1:413737/101‑1 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        <  2:413280/101‑1 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        >  1:414086/1‑101 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        >  1:414085/1‑101 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        >  1:414084/1‑101 (MQ=255)                    tGACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        >  1:414083/1‑101 (MQ=255)                     gACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGa                         <  2:413454/83‑1 (MQ=18)                     gACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAtt       <  2:413686/101‑1 (MQ=255)                     gACGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAtt       <  2:413600/101‑1 (MQ=255)                      aCGGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTg      <  1:413654/101‑1 (MQ=255)                        ggggggCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGAt        <  2:413608/97‑1 (MQ=255)                        ggggggCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGt    >  1:414087/1‑101 (MQ=255)                        ggggggCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGt    <  2:413697/101‑1 (MQ=255)                        ggggggCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGt    >  2:414088/1‑101 (MQ=255)                         ggggGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTg   <  1:413676/101‑1 (MQ=255)                          ggggCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGc  <  1:413657/101‑1 (MQ=255)                             |                                                                                                  GGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGC  >  NC_000913/224672‑224797

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑