| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,988,505 | T→C | Y2H (TAC→CAC) | yqeI → | putative transcriptional regulator YqeI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,988,505 | 0 | T | C | 99.8% | 1824.2 / ‑4.5 | 426 | Y2H (TAC→CAC) | yqeI | putative transcriptional regulator YqeI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (227/198); total (228/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
TAAATATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGTACTGGATTATTAACGATAATATCGAGTTCTGGCCTGAGCACCGAAAATTAATATCGGTACATAACGCCGATCTTAACGTCGTTCTGACAACGCCAGC > NC_000913/2988407‑2988602 | tAAATATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCAc < 1:5541092/101‑1 (MQ=255)tAAATATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCAc > 2:5541931/1‑101 (MQ=255)tAAATATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCAc > 1:5541927/1‑101 (MQ=255) aaaTATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCACt > 2:5541935/1‑101 (MQ=255) aaaTATAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCACt < 2:5541875/101‑1 (MQ=255) atatAAAATTAATATATATTTATGCCGTAAATACCAATATACTTAGCAAACTATGTGATCTCCATTTCGATTGATTTAGTGTTTATTGACGTATGCACTgg > 1:5541942/1‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |