| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,061,803 | A→G | E213E (GAA→GAG) | yihM → | putative TIM barrel domain‑containing protein YihM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,061,803 | 0 | A | G | 99.7% | 1345.1 / ‑4.9 | 317 | E213E (GAA→GAG) | yihM | putative TIM barrel domain‑containing protein YihM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (172/144); minor base T (0/1); total (172/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
AACATGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAACCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTGGGTGATGATGAGC > NC_000913/4061705‑4061900 | aCATGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCg < 2:7550822/101‑1 (MQ=255) aTGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCggg > 1:7551234/1‑101 (MQ=255) tGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGt > 1:7551237/1‑101 (MQ=255) tGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGt < 2:7550755/101‑1 (MQ=255) tGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGt > 2:7551239/1‑101 (MQ=255) gATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTg < 2:7550552/101‑1 (MQ=255) aTCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTgg > 1:7551241/1‑101 (MQ=255) tCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGc > 2:7551246/1‑101 (MQ=255) cAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGcc > 1:7551247/1‑101 (MQ=255) aTGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTg > 1:7551252/1‑101 (MQ=255) tGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTgg < 2:7550655/101‑1 (MQ=255) tGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTgg < 1:7551140/101‑1 (MQ=255) gCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTggg > 1:7551257/1‑101 (MQ=255) cAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGt > 2:7551261/1‑101 (MQ=255) aaaTGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTc > 2:7551264/1‑101 (MQ=255) aTGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCAt > 1:7551266/1‑101 (MQ=255) tGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATa < 1:7550818/101‑1 (MQ=255) gCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAg > 1:7551269/1‑101 (MQ=255) cATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGc < 2:7550799/101‑1 (MQ=255) cATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGc > 1:7551273/1‑101 (MQ=255) cATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGc < 1:7551172/101‑1 (MQ=255) aTCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGcc < 2:7550886/101‑1 (MQ=255) aTCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGcc < 2:7550449/101‑1 (MQ=255) aTCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGcc > 1:7551278/1‑101 (MQ=255) aTCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGcc > 2:7551277/1‑101 (MQ=255) ccATCGACTCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTg < 2:7550595/86‑1 (MQ=255) ccATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGt > 1:7551285/1‑101 (MQ=255) ccATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGt > 2:7551286/1‑101 (MQ=255) aTCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTAt > 2:7551290/1‑101 (MQ=255) tCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTAtt < 1:7550719/101‑1 (MQ=255) cGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTAttt > 2:7551293/1‑101 (MQ=255) gACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtc < 2:7551000/101‑1 (MQ=255) gACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtc < 1:7550684/101‑1 (MQ=255) aCGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtca > 2:7551297/1‑101 (MQ=255) cGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtcag < 1:7550963/101‑1 (MQ=255) cGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtcag > 2:7551300/1‑101 (MQ=255) tttAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtcaggtc < 2:7550713/101‑1 (MQ=255) tttAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtcaggtc > 2:7551304/1‑101 (MQ=255) ttAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTtcaggtca > 1:7551306/1‑101 (MQ=255) aaaaCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAggg < 1:7550406/101‑1 (MQ=255) aaaaCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAggg < 2:7550945/101‑1 (MQ=255) aaaaCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAggg > 2:7551310/1‑101 (MQ=255) aaaaCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAggg < 2:7550966/101‑1 (MQ=255) aaCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTg > 1:7551313/1‑101 (MQ=255) aCGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGa > 2:7551316/1‑101 (MQ=255) cGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGat > 2:7551320/1‑101 (MQ=255) cGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGat < 2:7550912/101‑1 (MQ=255) ggCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGc > 2:7551323/1‑101 (MQ=255) cACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCg > 1:7551324/1‑101 (MQ=255) 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2:7551046/101‑1 (MQ=255) aTGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGc > 1:7551387/1‑101 (MQ=255) tGCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGcc > 2:7551388/1‑101 (MQ=255) gCCTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCt < 1:7550919/101‑1 (MQ=255) ccTTGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTg < 1:7550908/101‑1 (MQ=255) ttGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTggg < 2:7550871/101‑1 (MQ=255) ttGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTggg < 2:7550673/101‑1 (MQ=255) tGATCGTTAAAGAGCCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTGGGt < 1:7550888/101‑1 (MQ=255) 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AACATGATCAATGCAAATGAGCATCCCATCGACGCTTTAAAAACGATGGCACCGCATATTACCCAGGTCCATATCAAAGATGCCTTGATCGTTAAAGAACCGGGTGGCCTGGGTCATAAAGCCTGTATTTCAGGTCAGGGTGATATGCCGTTCAAAGCGTTATTAACGCACCTTATCTGCCTGGGTGATGATGAGC > NC_000913/4061705‑4061900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |