| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 66 (1.590) | 34/126 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299433‑1299565 | ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:2994929‑M1/68‑3 (MQ=255)ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:782037‑M1/68‑3 (MQ=255)ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:1292720‑M1/68‑3 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGCGGAAAGTGCTAAata > 1:1096373‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:1764918‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:2811222‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:3082268‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:198537‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:1091249‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa < 1:3016143‑M1/68‑8 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc > 1:1237191‑M1/1‑59 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:118998‑M1/1‑56 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaaacg > 1:2092534‑M1/1‑54 (MQ=255) atTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 1:2260595‑M1/68‑19 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:1144326‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:6601‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTACAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:3419501‑M1/1‑48 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:1497896‑M1/68‑22 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:2561021‑M1/68‑24 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:2204730‑M1/68‑24 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg > 1:1412817‑M1/1‑43 (MQ=255) gATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:1678805‑M1/68‑27 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 1:2893286‑M1/68‑30 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 1:370472‑M1/68‑30 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:612135‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:769417‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:1286582‑M1/68‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:2755600‑M1/68‑35 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:172392‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:1402656‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:1294992‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:3074171‑M1/1‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:1364470‑M1/1‑32 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcacta > 1:250396‑M1/1‑31 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac > 1:1832414‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac > 1:662794‑M1/1‑30 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:1437282‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:2316411‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:91153‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:2775640‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:2836168‑M1/1‑29 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg < 1:1290869‑M1/68‑47 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:3061775‑M1/1‑22 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:3138668‑M1/1‑22 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataatcatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:2252932‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcattactggaactgtaatc > 1:45309‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:986537‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:1556273‑M1/1‑17 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:3026087‑M1/1‑15 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa < 1:1212999‑M1/68‑56 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:1908085‑M1/1‑12 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcacttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:1512638‑M1/1‑12 (MQ=255) caggtgcTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2474562‑M1/65‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2883088‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:1736166‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:273243‑M1/1‑10 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcagttcactactggaactgtaatcagaaaagat < 1:2355385‑M1/68‑61 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 1:1534214‑M1/68‑62 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata > 1:2780921‑M1/1‑7 (MQ=255) gTGCTAAagaataatcaagtgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 1:576764‑M1/68‑62 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatag < 1:1276138‑M1/68‑63 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatcga > 1:2885541‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:2612507‑M1/68‑64 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga > 1:1696680‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgcgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga > 1:190255‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgagcatttcactactggaactgtaatcagaacagataga > 1:3367583‑M1/1‑5 (MQ=255) aatgataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:2237655‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaatttttaaattattgttcattttactgctggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:3153850‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:2234188‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:346119‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:765705‑M1/68‑68 (MQ=255) | GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299433‑1299565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |