| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 68 [0] | [0] 64 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 61 (1.570) | 26/118 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
CACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAG > NC_000913/1979213‑1979344 | ggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:2589402‑M2/67‑68 (MQ=255)ggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:142008‑M2/67‑68 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 1:3174235‑M2/64‑68 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 1:1038441‑M2/64‑68 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 1:267443‑M2/64‑68 (MQ=255) gattttcaatagtgcgtgntgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCAt > 1:2566819‑M2/59‑68 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCAt > 1:2798814‑M2/59‑68 (MQ=255) tttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:1790029‑M2/13‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |