| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,318,354 | 0 | A | C | 41.4% | 32.6 / 16.0 | 29 | V508G (GTG→GGG) | rcsC | sensory histidine kinase RcsC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/2); new base C (0/12); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTCGAGAAATCGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGCC > NC_000913/2318287‑2318418 | cTTCGAGAAATCGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCa < 1:2972886/68‑1 (MQ=255) aTCGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTTTTCATTGCCGTCCCCAGCCGAt < 1:854301/68‑1 (MQ=255) aTCGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGAt < 1:2598765/68‑1 (MQ=255) atatCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCCCCGGCCGATCGACGcc < 1:1183837/68‑1 (MQ=255) atatCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGcc < 1:162137/68‑1 (MQ=255) atatCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGcc > 1:2871310/1‑68 (MQ=255) atatCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGAAGcc > 1:1715030/1‑68 (MQ=255) atCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCtt > 1:3166410/1‑68 (MQ=255) tCGCTAATAATTTCCAACAACAGGCTGAAAGAGTTTTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCttt < 1:2483216/68‑1 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTTTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCg < 1:1731967/68‑1 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCg > 1:392549/1‑68 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCg < 1:2184880/68‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGCAACGGGCTGGAAGAGTTGTTAATTGCCGTCCCCAGCCGATCGGCGCCTTTCGGTAAct < 1:1712033/68‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:2772729/68‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:1362237/68‑1 (MQ=255) aaTTTCCAACAACAGGCTGGAAGGGTTTTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:2643860/68‑1 (MQ=255) aaTGTTCAACAAGAGACGGGAAGAGTTGTTCATTTCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:1135768/68‑1 (MQ=255) aacaacAGGCTGGAAGATTTGTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGt < 1:1990261/68‑1 (MQ=255) aacaacAGGCGGGAAGAGTTGTTCATTCCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGt < 1:1767827/68‑1 (MQ=255) aGGCTGAAAGAGTTGTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCaa < 1:2997807/68‑1 (MQ=255) gCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGGAACTCTTTGGTTTGCAACa > 1:1006076/1‑68 (MQ=255) cTGGAAGAGTTTTTCTTTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:1785993/68‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGTTGTTCTTTCCCGTCTCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:2286315/68‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:2874218/68‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGTTGTCCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:1125015/68‑1 (MQ=255) tGGAGGAGTTGTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTTGTTTGCAACAGa < 1:2146145/68‑1 (MQ=255) tGGAAGAGTTGTTCATTGCCTTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:2172452/68‑1 (MQ=255) tGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:506594/68‑1 (MQ=255) tGGAAGAGTTGTTCATGGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:1393183/68‑1 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCa > 1:3026757/1‑68 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCa > 1:3210417/1‑68 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCa > 1:1013569/1‑68 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCa > 1:1145524/1‑68 (MQ=255) gatttgttCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAg < 1:2523511/65‑1 (MQ=255) atttgttCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAgg < 1:1167976/66‑1 (MQ=255) agTTTTTCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAgg < 1:1609590/68‑1 (MQ=255) agTTTTTCATGGCCGCCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAgg < 1:3109113/68‑1 (MQ=255) gttgttCATGCGCTTCCCCAGGCGGTCGGCGGCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGt < 1:2085954/68‑1 (MQ=255) ttgttCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGtt > 1:486389/1‑68 (MQ=255) tgttCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGtct > 1:2994860/1‑66 (MQ=255) tCATTGCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg < 1:833774/68‑1 (MQ=255) tCATTGCCGTCACCAGCCGATGGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg > 1:1460046/1‑68 (MQ=255) tCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTCACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg > 1:968686/1‑68 (MQ=255) tCATTCCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg < 1:399668/68‑1 (MQ=255) aTTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGac > 1:2112792/1‑67 (MQ=255) aTTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGAt > 1:1746224/1‑68 (MQ=255) aTTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGAt > 1:1150559/1‑68 (MQ=255) gCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTNGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:2718458/68‑1 (MQ=255) gCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:1875023/68‑1 (MQ=255) gCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:2014523/68‑1 (MQ=255) gCCGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:962076/68‑1 (MQ=255) cGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGc < 1:1924524/68‑1 (MQ=255) cGTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGc < 1:2333867/68‑1 (MQ=255) gTCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGcc < 1:1830218/68‑1 (MQ=255) | CTTCGAGAAATCGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCGTCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGCC > NC_000913/2318287‑2318418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |