| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,021,824 | 0 | T | G | 43.8% | 7.1 / 13.7 | 16 | G533G (GGT→GGG) | ubiB | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/9); new base G (7/0); total (7/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCC > NC_000913/4021759‑4021890 | aGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggtgg < 1:846189/68‑1 (MQ=255) gTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGGaggaggg > 1:1372885/1‑67 (MQ=255) gTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggg > 1:53211/1‑67 (MQ=255) ggCGCATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:1150225/68‑1 (MQ=255) ggCCCATTCTTGTTGGGCATCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:2842886/68‑1 (MQ=255) ggCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:1889145/68‑1 (MQ=255) aTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGTTTAATGGCAGGTGGTCTGATCg < 1:2538955/68‑1 (MQ=255) tCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGcc > 1:2357418/1‑68 (MQ=255) gttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGt < 1:2354690/68‑1 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGTTGATCGCCTAGTTTGt > 1:568373/1‑68 (MQ=255) aCCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGgc < 1:186664/68‑1 (MQ=255) aCCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGgc < 1:393843/68‑1 (MQ=255) tGAATGCGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTCTCGGGTGGCGCa > 1:2980926/1‑68 (MQ=255) aTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTTGCGGGTGGCGCaaaa > 1:1756124/1‑68 (MQ=255) aTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTGTCGGTTGGGGCaaaa > 1:218518/1‑68 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAaca < 1:231106/68‑1 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGGAAAaca > 1:199662/1‑68 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTGTCGGGTGGGGCAAAaca > 1:1794827/1‑68 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGGTTGTCGGTTGGCGCCAAACACGc > 1:322308/1‑68 (MQ=255) cccGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGGTCGCCTGGTTTGTCGGGTGGCGCAAAACACGCTCGttttt > 1:3373853/1‑68 (MQ=255) ccGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTGTCGGTTGGGGCAAAAAACGCTGAtttttt > 1:2423423/1‑68 (MQ=255) ggTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:1177883/68‑1 (MQ=255) gtggtTNGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGcc > 1:2038750/1‑68 (MQ=255) gtggtCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGcc > 1:641942/1‑68 (MQ=255) | AGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCC > NC_000913/4021759‑4021890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |