| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,154,935 | 0 | A | C | 34.1% | 77.5 / 22.0 | 44 | intergenic (‑88/‑66) | argE/argC | acetylornithine deacetylase/N‑acetylglutamylphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/1); new base C (0/15); total (28/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCG > NC_000913/4154870‑4155000 | aTAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACccacc > 1:1269967/1‑68 (MQ=255)aTAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACccacc > 1:2701652/1‑68 (MQ=255)aTAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACccacc > 1:2867988/1‑68 (MQ=255)aTAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACccacc > 1:2415912/1‑68 (MQ=255)aTAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACccacc > 1:3318965/1‑68 (MQ=255) aTCAATATTCATGCAGTATTTATGACTAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCg > 1:407063/1‑68 (MQ=255) aTCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAACACCCACCAGCCg > 1:1725224/1‑68 (MQ=255) atatTCATGCAGTATTTATAAAAAAAAATACCCAAACGTTGAGCGTAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAg < 1:2638598/68‑1 (MQ=255) tatTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATCCACTAACGTGGAGCGTAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAgg < 1:333306/68‑1 (MQ=255) tatTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAgg > 1:2645868/1‑68 (MQ=255) tatTCATGCAGTATTTATAAATAAAAATACACTAACGTGGAGCGAAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAgg < 1:2537773/68‑1 (MQ=255) tatTCATGCAGTATTTATAAAAAAAAATACACAAACGTTGACGATAATAAACCCCCCCAGCCGTAAgg < 1:1700/68‑1 (MQ=255) tatTCATGCAGTATTTAAAAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAAAAAAACCCCCCAGCCGTAAgg < 1:1587414/68‑1 (MQ=255) atTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGt > 1:1659997/1‑68 (MQ=255) ttCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTg > 1:706042/1‑68 (MQ=255) ttCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTg > 1:88708/1‑68 (MQ=255) tGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGACTg > 1:3260525/1‑68 (MQ=255) tGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATg > 1:3019538/1‑68 (MQ=255) tGCAGTATTTATAAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATg < 1:2292458/68‑1 (MQ=255) gCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGt > 1:1343583/1‑68 (MQ=255) gCAGTATTTATGAAAAAAAATCCACTAACGTTGAGCGTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGt < 1:413613/68‑1 (MQ=255) gCAGTATTTATGAAAAAAAAGCCCCTAACGTTGAGCGTAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGt < 1:1081316/68‑1 (MQ=255) gCAGTATTTATAAATAAAAATACACTAACGTTGAGCTTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGt < 1:1725454/68‑1 (MQ=255) gCAGTATTTATAAAAAAAAATACACTAACGTTGAGCGAAAAAAACCCCACCAGCCGTAAGGTGAATGt < 1:399785/68‑1 (MQ=255) aGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGttt > 1:3363020/1‑68 (MQ=255) aGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGttt > 1:1779134/1‑68 (MQ=255) aTTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTAc > 1:615901/1‑68 (MQ=255) aTTTATGAAAAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTAc < 1:946329/68‑1 (MQ=255) tttATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACg > 1:1673179/1‑68 (MQ=255) tttATGAATAAAAATAAAATAACGTTGAGCGTAATACAACCAACAAGCCGTAAGGAGAATGGTTTACg > 1:3093219/1‑68 (MQ=255) tATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGtt > 1:2602632/1‑68 (MQ=255) tGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTa > 1:3388157/1‑68 (MQ=255) aaaaaaTCCACTAACGTTGAGCGTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCt < 1:2279251/67‑1 (MQ=255) aaaaTCGACTAACGTTGAGCGTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTgg < 1:202989/68‑1 (MQ=255) aaaaTACAGTACCTTGGAGCATAATAAGCCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTgg < 1:2421792/68‑1 (MQ=255) acacTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAAcc > 1:1647544/1‑68 (MQ=255) acacTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAAcc > 1:2441190/1‑68 (MQ=255) cccaaCGTTGAGCAAAAAAAACCCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAg < 1:3075586/65‑1 (MQ=255) acTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAg > 1:342960/1‑68 (MQ=255) cTAACGTTGAGCGAAAAAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGa < 1:1447645/68‑1 (MQ=255) gTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaa > 1:2677458/1‑68 (MQ=255) gTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaa > 1:1291004/1‑68 (MQ=255) gTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaa > 1:2004820/1‑68 (MQ=255) tGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaaga > 1:497086/1‑68 (MQ=255) aGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaagaag > 1:410785/1‑68 (MQ=255) aGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaagaag > 1:1396388/1‑68 (MQ=255) gcttaataaACCCCACCATCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAgg < 1:2788855/65‑1 (MQ=255) gCGTAATAAACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAgg < 1:69766/68‑1 (MQ=255) gCGTAANAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAgg > 1:2049011/1‑68 (MQ=255) cGTAATAAAACCCACCGGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGt < 1:285223/68‑1 (MQ=255) cGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGt > 1:446028/1‑68 (MQ=255) cGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGt > 1:556493/1‑68 (MQ=255) taaaaaACCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGa < 1:2804510/68‑1 (MQ=255) aaaaCCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAg > 1:128669/1‑68 (MQ=255) aaaCCCCCCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGc < 1:3321637/68‑1 (MQ=255) acccccccAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGcc < 1:1649860/66‑1 (MQ=255) aCCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGccc > 1:2608521/1‑68 (MQ=255) ccaccaGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCg > 1:599108/1‑68 (MQ=255) | ATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCG > NC_000913/4154870‑4155000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |