| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1720902 | 20 (0.440) | 46 (1.020) | 25/134 | 0.2 | 69.7% | intergenic (‑78/‑123) | slyA/ydhI | DNA‑binding transcriptional dual regulator SlyA/DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
ATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1720837‑1720902‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > NC_000913/1978503‑1978569 ATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGG < 1:114456/68‑1ATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGG < 1:412249/68‑1ATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGG < 1:431681/68‑1 AATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTA > 1:1692795/1‑68 AATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAGAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTA > 1:2805285/1‑68 ATTAGCTTGCTAAGATATNATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAA > 1:2715746/1‑68 AGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGA < 1:30619/68‑1 GCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGAC < 1:364923/68‑1 CTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACT > 1:1241987/1‑68 AAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTGAAACAGGTAATGACTCCAACT < 1:574343/68‑1 AAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACT < 1:115929/68‑1 AAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACT < 1:3057551/68‑1 ATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTAT > 1:2837799/1‑68 TGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1674206/1‑68 TGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:666336/1‑68 GCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:1454877/68‑1 CGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 1:42475/68‑1 CGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 1:118339/68‑1 GGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT < 1:275444/68‑1 GGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT < 1:1968328/68‑1 GAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:2135692/68‑1 GAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:1909097/1‑68 ATAGTGTGCAGCAATTGTNTTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA > 1:2710330/1‑68 ATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA > 1:2044572/1‑68 ATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA > 1:1666565/1‑68 ATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA > 1:1237552/1‑68 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:601329/1‑68 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:1036723/1‑68 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:2720089/68‑1 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:1001990/68‑1 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:1096453/68‑1 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:1518311/1‑68 AGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTGATGTTCAGA < 1:3266718/68‑1 GTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA > 1:1635389/1‑68 GTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA > 1:1119918/1‑68 AGCAATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCC < 1:292761/68‑1 ATTGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 1:3098461/68‑1 TGTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA > 1:2731769/1‑68 GTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:2370985/68‑1 GTATTGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:554560/68‑1 TGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG > 1:237067/1‑68 TGCTAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG > 1:1186950/1‑68 TAAAACAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATANTGCCCGATGACTTTGTCA < 1:2716904/68‑1 ACAGGTAGTGGCTCCAACTTATTGATAATGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCA < 1:1499678/68‑1 AGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC < 1:2042245/68‑1 AGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC < 1:446048/68‑1 ATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1720837‑1720902‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > NC_000913/1978503‑1978569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |