| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 27 (0.600) | 4 (0.090) | 4/134 | 2.8 | 12.9% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 27 (0.600) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGC > NC_000913/1603738‑1603865 | ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa > 1:2573046/1‑68 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTg > 1:2544552/1‑68 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTATGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTg > 1:59481/1‑68 (MQ=255) tGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGt < 1:3376736/68‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1391486/68‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGCCGGCGTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1460454/68‑1 (MQ=255) tGCAGCCGGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCg < 1:671134/68‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGCTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:429483/68‑1 (MQ=255) aGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgcg > 1:863387/1‑68 (MQ=255) gcatGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGCGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgcgc < 1:2616786/65‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCa > 1:1500383/1‑68 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCa < 1:470927/68‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCa > 1:3152119/1‑68 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGAGCa > 1:2584638/1‑68 (MQ=255) gCGTGCTGGGCGGCATTATTTTTCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttc < 1:2192251‑M1/68‑31 (MQ=255) cGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:94142/68‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTcc > 1:2738722/1‑68 (MQ=255) ggcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcagtagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgca < 1:927312‑M1/68‑39 (MQ=255) cATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGa < 1:1071183/68‑1 (MQ=255) ttAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATc > 1:1765375/1‑68 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:3441284‑M1/68‑49 (MQ=255) gtgCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:1107995‑M1/67‑51 (MQ=255) tGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:2984649/68‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:1693504/68‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:1064957/68‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa > 1:2076208/1‑68 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa < 1:2060878/68‑1 (MQ=255) ggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt < 1:1453328/68‑1 (MQ=255) cGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGt < 1:2651519/68‑1 (MQ=255) gTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTg > 1:1770170/1‑68 (MQ=255) tGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCGGTTgc < 1:2065135/68‑1 (MQ=255) | GGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGC > NC_000913/1603738‑1603865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |