| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2815753 = | 0 (0.000) | 55 (1.080) | 26/128 | 0.2 | 100% | coding (687/1557 nt) | gshA | glutamate‑‑cysteine ligase |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
CCTGCAAGGAAAACCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2815816‑2815753‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > NC_000913/3583428‑3583488 CCTGCAAGGAAAACCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGG > 1:1900474/1‑65 GGAAAACCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGC > 1:1307565/1‑65 GAAAACCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCT > 1:1577201/1‑65 CCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAA > 1:2663436/1‑65 AACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACT < 1:251995/65‑1 AACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACT > 1:3169043/1‑65 GTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTAC > 1:319381/1‑65 GTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGCATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTAC > 1:3551704/1‑65 GCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 1:3085424/65‑1 GCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 1:893066/65‑1 GCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCCGTATGTATTCCCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 1:3125783/65‑1 GTTTGAGAAAACCGGGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:1768432/65‑1 GTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:3719790/65‑1 GTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:2934962/65‑1 GTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:2030340/65‑1 GTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:1778335/65‑1 TTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:855022/65‑1 TTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:3925420/65‑1 TTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:3280333/65‑1 AGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:2043241/1‑65 ACCGAGTGCGGTATGTATTCCCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGT < 1:3501025/65‑1 ACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATctg > 1:2601666/1‑62 CGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT > 1:3049253/1‑65 GAGTGCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTT < 1:147128/65‑1 GCGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTG > 1:2936386/1‑65 GCGGTATGTATTACCTGCCGGGCGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTG > 1:3000623/1‑65 CGGTATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 1:1708375/65‑1 ATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTG > 1:3162453/1‑65 ATGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTG > 1:1377728/1‑65 TGTATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGC < 1:2698215/65‑1 TATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTC > 1:3995064/1‑65 ATTCCCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC < 1:3283016/65‑1 ATTACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC > 1:2390438/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:3841007/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:3919310/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:537551/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:966359/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:3935931/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:664446/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:3051530/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:2950856/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:2755921/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:1850003/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:1468227/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:1416129/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:1357327/1‑65 ACCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:1321719/1‑65 CCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTG > 1:3244898/1‑65 CCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTG > 1:1807302/1‑65 CCTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTG > 1:58351/1‑65 CTGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGG > 1:84726/1‑65 ggCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT < 1:3598060/63‑1 GCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > 1:3123361/1‑65 GCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT < 1:2125898/65‑1 GCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > 1:1402233/1‑65 CCTGCAAGGAAAACCAACGTCGCTGCCGTTTGAGAAAACCGAGTGCGGTATGTATTACCTGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2815816‑2815753‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > NC_000913/3583428‑3583488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |