BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
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*	NC_000913	803,662	0	C	A	100.0%	402.6 / NA	104	L54I (CTT→ATT)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (41/63); total (41/63)

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AAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803602‑803722

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      aCTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAaattaaaattaa                                                    >  1:1372737/1‑65 (MQ=255)

       cTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAg                                                   <  1:1138865/65‑1 (MQ=255)

         aTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGtt                                                 >  1:3462030/1‑65 (MQ=255)

              cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:2217670/1‑65 (MQ=255)

              cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:2326519/1‑65 (MQ=255)

              cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:1651826/1‑65 (MQ=255)

              cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            <  1:888965/65‑1 (MQ=255)

               tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:964498/65‑1 (MQ=255)

                ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:885857/1‑65 (MQ=255)

                ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:276348/1‑65 (MQ=255)

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                  tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAACTTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:3501026/1‑65 (MQ=255)

                  tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:3119506/1‑65 (MQ=255)

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                  tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:3186003/1‑65 (MQ=255)

                  tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:327152/1‑65 (MQ=255)

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                  tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2120207/1‑65 (MQ=255)

                   cTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTa                                       >  1:1302232/1‑65 (MQ=255)

                      ttCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGcc                                    <  1:1153378/65‑1 (MQ=255)

                      ttCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGcc                                    <  1:513356/65‑1 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2989694/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2303905/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:439957/1‑65 (MQ=255)

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                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2208674/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2180373/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:630502/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1793780/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1323754/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1150639/1‑65 (MQ=255)

                       tctctcTTCGCATAATACGACCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATGAGCct                                   >  1:464318/1‑65 (MQ=255)

                        ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  <  1:234176/65‑1 (MQ=255)

                        ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  <  1:2163803/65‑1 (MQ=255)

                        ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:581443/1‑65 (MQ=255)

                        ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  <  1:1224034/65‑1 (MQ=255)

                         tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:3240341/65‑1 (MQ=255)

                         tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:773859/65‑1 (MQ=255)

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                             ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                             <  1:1569929/65‑1 (MQ=255)

                              tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:3905538/65‑1 (MQ=255)

                              tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCCCTCACGa                            <  1:1182781/65‑1 (MQ=255)

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                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:845023/65‑1 (MQ=255)

                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:968858/65‑1 (MQ=255)

                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2251316/65‑1 (MQ=255)

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                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:3205384/65‑1 (MQ=255)

                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:101/65‑1 (MQ=255)

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                               cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:309795/65‑1 (MQ=255)

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                                  ataataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATAtt                        <  1:1626563/65‑1 (MQ=255)

                                    aataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAc                      <  1:1984138/65‑1 (MQ=255)

                                    aataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAc                      <  1:3612126/65‑1 (MQ=255)

                                    aataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAc                      <  1:1262641/65‑1 (MQ=255)

                                     ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:3941093/65‑1 (MQ=255)

                                       aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTATCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:3474434/1‑65 (MQ=255)

                                       aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:1470432/1‑65 (MQ=255)

                                        cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:20358/1‑65 (MQ=255)

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                                        cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtct                  >  1:3078076/1‑63 (MQ=255)

                                         gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg                 <  1:1096613/65‑1 (MQ=255)

                                         gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg                 <  1:1326567/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCGCGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1698001/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3417475/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:4011643/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:728879/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3840966/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3373009/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:4962/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3911247/65‑1 (MQ=255)

                                              gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:581041/65‑1 (MQ=255)

                                                aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:352644/65‑1 (MQ=255)

                                                aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          >  1:2124286/1‑65 (MQ=255)

                                                aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:881240/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1308350/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3994390/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:133298/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:310266/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3894547/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3834746/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:310408/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3627901/65‑1 (MQ=255)

                                                   atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3401647/65‑1 (MQ=255)

                                                        taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:3792310/65‑1 (MQ=255)

AAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803602‑803722

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 26 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`