| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 56 [0] | [0] 56 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 47 (1.350) | 25/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978431‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979279‑1979341 CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC < 1:903832/65‑1CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:3123935/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:2714891/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:1601659/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATAACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:2453960/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAACACACTCAATTACTTAACATAA > 1:1374670/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAA > 1:90825/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAA > 1:1416837/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAA > 1:2460317/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAA > 1:2256661/1‑65 GGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT < 1:1020819/65‑1 GGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT < 1:961817/65‑1 GGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT > 1:740907/1‑65 GGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT < 1:2605797/65‑1 GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGT < 1:3013236/65‑1 GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGT < 1:1629282/65‑1 GCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTA > 1:1974483/1‑65 CGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAG < 1:1858092/65‑1 CGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAG < 1:20692/65‑1 CGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAG < 1:3040728/65‑1 GATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT > 1:3271600/1‑65 GATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT > 1:221123/1‑65 GATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT > 1:2769454/1‑65 GATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT > 1:2619552/1‑65 GATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT < 1:1714267/65‑1 CAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACT < 1:2792298/65‑1 ATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTT > 1:1007792/1‑65 ATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTT > 1:1077537/1‑65 ATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTT > 1:2475457/1‑65 AATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTG > 1:1697169/1‑65 TGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTT < 1:355911/65‑1 ATGCAGATCGCGCAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATCCTTTTGTTTTGGGT < 1:2616834/65‑1 ATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 1:29018/65‑1 ATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 1:3232189/65‑1 ATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 1:635249/65‑1 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT < 1:1987045/65‑1 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:3120371/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAACTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:2609069/1‑65 AGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAT > 1:776787/1‑65 AGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAT < 1:3279925/65‑1 ATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTT > 1:1527464/1‑65 TCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTC > 1:3122854/1‑65 TCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTC > 1:3078675/1‑65 ACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAA < 1:3285205/65‑1 CAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCT > 1:2384399/1‑65 AAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGT < 1:365755/65‑1 ACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:475373/1‑65 ACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:2933187/1‑65 ACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:1809107/1‑65 ACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:2090593/1‑65 ACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:644661/1‑65 ACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAA > 1:1057303/1‑65 ATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTT > 1:524240/1‑65 ATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTT > 1:256711/1‑65 ATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTT > 1:761480/1‑65 ATTACTTAACATAAACGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTT > 1:2404861/1‑65 ACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTT > 1:223741/1‑65 ACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTT > 1:1102399/1‑65 ACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTT > 1:85106/1‑65 TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCG > 1:2698676/1‑65 AACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCT < 1:2660842/65‑1 CATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTGGCTAC < 1:2657684/65‑1 CATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTAC < 1:312313/65‑1 CATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTAC < 1:2347186/65‑1 ATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACG > 1:1740152/1‑65 ATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACG > 1:1584548/1‑65 ATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAG < 1:793701/65‑1 TGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > 1:3061226/1‑65 TGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > 1:2736238/1‑65 TGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > 1:697164/1‑65 CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978431‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979279‑1979341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |