| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 44 (1.180) | 24/120 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 | ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:2340159‑M2/2‑1 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat > 1:2170994‑M2/64‑65 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:666004‑M2/7‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:1274338‑M2/55‑65 (MQ=255) gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa < 1:2484445‑M2/18‑1 (MQ=255) gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa < 1:2482876‑M2/18‑1 (MQ=255) tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta > 1:802815‑M2/44‑65 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:1439705‑M2/23‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc < 1:2966379‑M2/28‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc < 1:150805‑M2/28‑1 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:1045554‑M2/36‑65 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:2723283‑M2/36‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:711702‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:694464‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2349185‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1058919‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:107208‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:909872‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:148845‑M2/31‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:2616570‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:1224186‑M2/30‑65 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:2757379‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1458042‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1823150‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1677824‑M2/39‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 1:2614791‑M2/26‑65 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtggtaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:2042117‑M2/42‑1 (MQ=255) ccgttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:3024635‑M2/42‑1 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:1994727‑M2/23‑65 (MQ=255) ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 1:2831521‑M2/47‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAACTTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:3051705‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2392808‑M2/18‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg < 1:2963833‑M2/53‑1 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:1254178‑M2/12‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1520396‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1187788‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1261317‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCACTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:3025568‑M2/55‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1249734‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:2368044‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:877909‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgcgaaATAATGATCAATTGTTAAATTAGTGTGCATTTCACTAGTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:2277261‑M2/58‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCGGAAAAGAt > 1:1530910‑M2/6‑65 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:980310‑M2/6‑65 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:2331923‑M2/63‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAgctg > 1:1062769/1‑62 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:167452/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa < 1:1131636/65‑1 (MQ=255) | TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |