| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 74 (1.570) | 34/126 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299433‑1299565 | ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:3903476‑M1/68‑3 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:3773059‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:905929‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:2471923‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:2646845‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:3713628‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:1412205‑M1/1‑65 (MQ=255) cTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:2365424‑M1/1‑64 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca < 1:306327‑M1/68‑11 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:2826281‑M1/1‑56 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:2289849‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:756368‑M1/1‑54 (MQ=255) taatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataaccaattgtt < 1:1243041‑M1/68‑17 (MQ=255) atTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 1:2485816‑M1/68‑19 (MQ=255) atTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 1:3968345‑M1/68‑19 (MQ=255) ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:478299‑M1/1‑49 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:3486069‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat < 1:2617375‑M1/68‑21 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:1734924‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:806446‑M1/1‑48 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:2463877‑M1/68‑22 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:1074904‑M1/68‑24 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:3290587‑M1/68‑24 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:1795192‑M1/68‑24 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:4074238‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:731559‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2909127‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:4036432‑M1/68‑32 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2365070‑M1/68‑34 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:3490683‑M1/1‑35 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:1198425‑M1/68‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:342890‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:1621358‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:1970465‑M1/1‑34 (MQ=255) aaTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac < 1:89109‑M1/68‑36 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGACAGCGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:2798162‑M1/1‑32 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcacta < 1:3535087‑M1/68‑38 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:3580138‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:1713244‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:1375371‑M1/68‑40 (MQ=255) ccACTGCCTTTAGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:1814383‑M1/1‑29 (MQ=255) tGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:632993‑M1/1‑25 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaac < 1:1344654‑M1/68‑45 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:3671529‑M1/1‑22 (MQ=255) tttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgt < 1:2169643‑M1/68‑48 (MQ=255) tttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgt < 1:3264805‑M1/68‑48 (MQ=255) tGGTAGAGGAAGGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa < 1:2772157‑M1/68‑50 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtcatc > 1:2113629‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:2167375‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:1569813‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:4075789‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:1058270‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:2685095‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaacngtaatc > 1:2606094‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattctgcatttcactactggaactgtaatc > 1:1348923‑M1/1‑17 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:1598259‑M1/1‑12 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttacattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:3959933‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggcactgtaatcagaaaag > 1:1157033‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:417426‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:2577358‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1219262‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:3538581‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:3292249‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:3435202‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:2098065‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:200070‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:3536483‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:3538549‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:1940230‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGCGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:749635‑M1/1‑10 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat < 1:226371‑M1/68‑61 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga > 1:3455260‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:1367268‑M1/68‑64 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:935099‑M1/68‑64 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagaca > 1:2198907‑M1/1‑3 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:3959228‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:172133‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:3142646‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:672510‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:891044‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:2283965‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcagttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:3016890‑M1/68‑68 (MQ=255) | GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299433‑1299565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |