| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 883,616 | T→G | intergenic (‑228/‑57) | ybjG ← / → mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 883,616 | 0 | T | G | 90.0% | 229.6 / 14.1 | 70 | intergenic (‑228/‑57) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base G (41/22); total (44/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
GCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAA > NC_000913/883551‑883679 | gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGCATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:3394594/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:958638/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:3378380/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:3352060/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:582818/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:1659928/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:806058/68‑1 (MQ=255)gCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTgct < 1:1332265/68‑1 (MQ=255) gTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCg < 1:3514362/68‑1 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tttCAGCTACAAAATTCGCTTGCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCg > 1:31409/1‑68 (MQ=255) gCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCaaa < 1:2169508/68‑1 (MQ=255) | GCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAA > NC_000913/883551‑883679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |