| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,390,754 | G→T | A252A (GCC→GCA) | rsgA ← | ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,754 | 0 | G | T | 96.8% | 106.0 / ‑3.9 | 31 | A252A (GCC→GCA) | rsgA | ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (18/12); total (18/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
CTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTC > NC_000913/4390694‑4390813 | cTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGctgcgg > 1:516144/1‑65 (MQ=255) tcccGCACGCCTGGGGAGTCAATCACATCTCCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGt < 1:3182119/62‑1 (MQ=255) tCACGCGCTCCTGGGGAGTCAATCACATCCCCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGt < 1:2208460/65‑1 (MQ=255) tCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGt < 1:1177388/65‑1 (MQ=255) tCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGt < 1:2300700/65‑1 (MQ=255) tCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGt < 1:213778/65‑1 (MQ=255) cGCACGCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCgt < 1:3180380/65‑1 (MQ=255) aCTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCgtggt > 1:1297526/1‑65 (MQ=255) tCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGgtgt < 1:609736/65‑1 (MQ=255) ccTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGtgtg > 1:2968470/1‑65 (MQ=255) gggAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGa < 1:884061/65‑1 (MQ=255) ggAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGTTACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGAc > 1:1118177/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGCAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTTGTGTGGTGAcca > 1:31334/1‑64 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGAccc > 1:1283939/1‑64 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:2090682/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:791898/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:2596208/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:263109/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:2821526/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCg > 1:2930890/1‑65 (MQ=255) aGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGCGTGCTGAccc > 1:1270903/1‑64 (MQ=255) tcacatcacCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGCGCTGACCGAGcccc > 1:1728643/1‑65 (MQ=255) acatcacCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGcccctg > 1:71442/1‑63 (MQ=255) acatcacCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGa > 1:1802832/1‑65 (MQ=255) gccgGGCGGGAGGTAATACACCCGGGCGG‑GGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCaga < 1:1032279/65‑1 (MQ=255) ccgTGGGGGAGGGAATACAGCGGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCaga < 1:2166154/65‑1 (MQ=255) cgTGCGGGAGTGGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCagag < 1:1248903/65‑1 (MQ=255) gTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAgaga < 1:1216623/65‑1 (MQ=255) gTGCGGGAAGTCATACAGCGGACCTGCGGTCGTGTTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAgaga < 1:244284/65‑1 (MQ=255) gggAAGTGATACAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATc > 1:2222971/1‑65 (MQ=255) ccAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAgg < 1:1536858/64‑1 (MQ=255) aCAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAgg > 1:2220496/1‑65 (MQ=255) aCAGCCGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAgg > 1:829591/1‑65 (MQ=255) ccGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtct > 1:3041868/1‑65 (MQ=255) ccGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtct > 1:435312/1‑65 (MQ=255) ccGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtct > 1:1064109/1‑65 (MQ=255) cGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtctc < 1:2974502/65‑1 (MQ=255) cGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtctc < 1:2922650/65‑1 (MQ=255) cGAGCTGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGAtctc < 1:871663/65‑1 (MQ=255) | CTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTC > NC_000913/4390694‑4390813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |