| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 421,151 | 0 | T | . | 27.8% | 46.3 / 16.0 | 18 | coding (166/1374 nt) | proY | putative transporter ProY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/9); new base . (0/5); total (4/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTT > NC_000913/421087‑421208 | aGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGt < 1:1663454/65‑1 (MQ=255)aGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGt < 1:2261427/65‑1 (MQ=255)aGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGt < 1:2328891/65‑1 (MQ=255)aGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGt < 1:2365375/65‑1 (MQ=255)aGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGCGGTATCGCGGCGt > 1:2288770/1‑65 (MQ=255) aCGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGtat < 1:260461/65‑1 (MQ=255) gCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTatat < 1:1042845/65‑1 (MQ=255) ggTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCt < 1:818109/65‑1 (MQ=255) ggAGCGTGTTGTTTGCCTTTATTAGCGGTGG‑‑TCGC‑‑CG‑‑TATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATg < 1:988282/64‑1 (MQ=255) aGCGTGTTGTTGGCCTTTATTATCGGTGG‑‑TCGC‑‑CG‑‑TATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTc < 1:1289382/65‑1 (MQ=255) aGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGG‑‑TCGC‑‑CG‑‑TATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTc < 1:3144269/65‑1 (MQ=255) gCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGaa < 1:1398120/65‑1 (MQ=255) tgttgtTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATg < 1:2021716/65‑1 (MQ=255) ggttgttGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATg < 1:473516/64‑1 (MQ=255) gttgttGGCCTTTATTATCGGTGG‑‑TCGC‑‑CG‑‑TATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTAc < 1:2997092/65‑1 (MQ=255) gttgttGGCCTATATTATCGGTGG‑‑TCGC‑‑CG‑‑TATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTAc < 1:2470801/65‑1 (MQ=255) ttgGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGt < 1:776288/65‑1 (MQ=255) ttgGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGt < 1:1470305/65‑1 (MQ=255) ttgGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCCTGCGCTGGGGGAAATGTCGGt < 1:103903/65‑1 (MQ=255) cTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATa < 1:1934007/65‑1 (MQ=255) attatCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAAccc > 1:587846/1‑65 (MQ=255) attatCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAAccc > 1:992793/1‑65 (MQ=255) cGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGgccg > 1:406892/1‑65 (MQ=255) gtATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGc < 1:568818/65‑1 (MQ=255) aTCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGctc > 1:1637694/1‑65 (MQ=255) cgcgGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCtt > 1:2596744/1‑65 (MQ=255) | AGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTT > NC_000913/421087‑421208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |