| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 70 (1.350) | 33/120 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGT > NC_000913/1299434‑1299561 | gCTTGCTGCAGAATAATTGAAATGATATCATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:1557816‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:1779895‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:582808‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:17332‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1815900‑M1/65‑1 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:2150199‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:2154897‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:2301675‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:2307390‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:2730145‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:3539137‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:619992‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:3615807‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:4075408‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:400528‑M1/1‑65 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:4338869‑M1/65‑3 (MQ=255) cTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat < 1:3739170‑M1/65‑6 (MQ=255) cTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat < 1:791360‑M1/65‑6 (MQ=255) cTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat < 1:752813‑M1/65‑6 (MQ=255) gaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca > 1:418024‑M1/1‑55 (MQ=255) aatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:161735‑M1/1‑51 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta > 1:2378060‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta > 1:2159702‑M1/1‑48 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:1346272‑M1/1‑45 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:1603543‑M1/65‑22 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:4156498‑M1/65‑22 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:3766778‑M1/65‑22 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:4133060‑M1/1‑43 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:571951‑M1/1‑43 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:345617‑M1/1‑43 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:420506‑M1/1‑43 (MQ=255) gATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:58976‑M1/65‑24 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc < 1:549684‑M1/65‑29 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc < 1:389810‑M1/65‑29 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcat > 1:3734901‑M1/1‑35 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:1339311‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:1706946‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3223227‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:3005894‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3945768‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2681670‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:1848842‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2712168‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGCGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:2341975‑M1/1‑34 (MQ=255) aTTCCAGTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:1246999‑M1/1‑32 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:2301019‑M1/1‑32 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:3645530‑M1/65‑34 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:1677942‑M1/65‑35 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:1780829‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:452508‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:1121703‑M1/1‑30 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:1880682‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:170569‑M1/1‑29 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:2015155‑M1/65‑40 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:3398289‑M1/65‑40 (MQ=255) tttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattccactactggaac < 1:2677767‑M1/65‑45 (MQ=255) ttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaact < 1:428032‑M1/65‑46 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:3089112‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:2917348‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactcta > 1:3360994‑M1/1‑17 (MQ=255) agagGAAAGAGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaat > 1:35598‑M1/1‑15 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatca < 1:3711986‑M1/65‑53 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:2120809‑M1/1‑12 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:2468629‑M1/1‑12 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaga > 1:1033182‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:3833668‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:365876‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:3611076‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:2639578‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa < 1:4369719‑M1/65‑56 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgcgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:3352910‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa < 1:1022072‑M1/65‑57 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 1:241664‑M1/1‑8 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 1:1770777‑M1/1‑8 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:4125282‑M1/1‑7 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:95174‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:828630‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1076535‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1264892‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:605200‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1480255‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2311657‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaagtgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:4150266‑M1/65‑59 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat > 1:568717‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat > 1:2363786‑M1/1‑5 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatag < 1:3189412‑M1/65‑63 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:623755‑M1/65‑64 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:789343‑M1/65‑64 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:2364573‑M1/65‑64 (MQ=255) | GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGT > NC_000913/1299434‑1299561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |