| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,318,354 | 0 | A | C | 40.0% | 27.2 / 18.3 | 30 | V508G (GTG→GGG) | rcsC | sensory histidine kinase RcsC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/6); new base C (0/12); total (12/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGC > NC_000913/2318298‑2318417 | cGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGa < 1:3001875/65‑1 (MQ=255) gagaATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGAt < 1:2107354/65‑1 (MQ=255) atatCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGCGTTGTTCATTGTCG‑TCACCAGCAGGTCGAc > 1:2498146/1‑65 (MQ=255) atCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACga > 1:3446520/1‑64 (MQ=255) atCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGc > 1:4063320/1‑65 (MQ=255) atCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGc > 1:66360/1‑65 (MQ=255) tCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGcc < 1:3727258/65‑1 (MQ=255) tCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGcc < 1:669733/65‑1 (MQ=255) tCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑GCCCCAGCCGATCGACGcc < 1:2328577/65‑1 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCtt > 1:494276/1‑65 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCACTGCCG‑TCACCAGCCGTTCGAAGCCtt > 1:3785235/1‑65 (MQ=255) gCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTCGTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGCCGCCtt > 1:762372/1‑65 (MQ=255) gATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCg < 1:660294/65‑1 (MQ=255) aTTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTaa > 1:853129/1‑65 (MQ=255) ttttCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAc < 1:3475410/65‑1 (MQ=255) ttttCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAc < 1:757924/65‑1 (MQ=255) ttttCAACAACAGGCGGGAAGATTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAc < 1:2038520/65‑1 (MQ=255) tttgCAAAAACCGGCTGGAAGAGTTTTTCA‑TGCCGCGCACCAGCCGATCGACTCCTTTCGGTAAc < 1:2691131/65‑1 (MQ=255) tttcCAACACCAGGCTGGAAGAGTTTTTCATGCCCG‑CCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAc < 1:2867830/65‑1 (MQ=255) tttcCAACAACAGGCTGGAAAATTTGTTAATTGCCG‑CCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAc < 1:1995917/65‑1 (MQ=255) tttCAACACCAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:523325/65‑1 (MQ=255) tttCAACAACAGGCGGGAAGAGTTTTTCATGGCCG‑CCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:2305061/65‑1 (MQ=255) ttacaacaaCAGGCTGGAAGAGTTGTCCATGGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAAct < 1:3104522/62‑1 (MQ=255) acaacaGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTg > 1:1932678/1‑65 (MQ=255) agcaGGCTGGAAGATTTTTTAATTCCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGt < 1:4176163/63‑1 (MQ=255) acaGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGtc > 1:3457179/1‑64 (MQ=255) gCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCa > 1:3466420/1‑65 (MQ=255) gAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:4252767/65‑1 (MQ=255) gAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAg < 1:2296733/65‑1 (MQ=255) aaGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:2831840/65‑1 (MQ=255) aaGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:637919/65‑1 (MQ=255) aaGAGTTGTTCATTGCCG‑CCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:1141250/65‑1 (MQ=255) aaGAGTTGTTCATTCCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:3992323/65‑1 (MQ=255) aaGAGTTGTAAATTGCCG‑CCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGa < 1:1651499/65‑1 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGAt < 1:960731/65‑1 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGAt < 1:3871357/65‑1 (MQ=255) agagTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGAt > 1:2054534/1‑65 (MQ=255) agagTTGTTAATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTTGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGAt > 1:2290040/1‑65 (MQ=255) agTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGCACCTCTTCGGTTTGCAACAGATcc > 1:3503088/1‑65 (MQ=255) ttgttCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAg < 1:644318/65‑1 (MQ=255) ttgttCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAg < 1:2795100/65‑1 (MQ=255) tgttCATTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAgg < 1:3446315/65‑1 (MQ=255) tCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTa > 1:257624/1‑65 (MQ=255) cATTCCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTAc < 1:2229113/65‑1 (MQ=255) aTTGCCG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTAcc < 1:4102101/65‑1 (MQ=255) aTTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTAcc > 1:50019/1‑65 (MQ=255) ttGCGG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg < 1:4035655/65‑1 (MQ=255) ttGCCG‑CCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg < 1:3201130/65‑1 (MQ=255) ttGCCG‑CCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCg < 1:3978203/65‑1 (MQ=255) tggCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGNAACAGATCCAGGTTACCg < 1:3239924/63‑1 (MQ=255) ccG‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATa < 1:1809579/65‑1 (MQ=255) g‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:4011134/65‑1 (MQ=255) g‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:1597513/65‑1 (MQ=255) g‑TCCCCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:1717782/65‑1 (MQ=255) g‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:1044146/65‑1 (MQ=255) g‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:314533/65‑1 (MQ=255) ttCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:2936504/64‑1 (MQ=255) tccACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:2529129/63‑1 (MQ=255) gacACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAAt < 1:2723176/63‑1 (MQ=255) cACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGc < 1:1157550/65‑1 (MQ=255) | CGAGAATATCGCTGATAATTTTCAACAACAGGCTGGAAGAGTTGTTCATTGCCG‑TCACCAGCCGATCGACGCCTTTCGGTAACTCTTTGGTTTGCAACAGATCCAGGTTACCGATAATGC > NC_000913/2318298‑2318417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |