| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,411,503 | C→T | A78V (GCG→GTG) | fis → | DNA‑binding transcriptional dual regulator Fis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,411,503 | 0 | C | T | 97.4% | 123.6 / ‑4.7 | 39 | A78V (GCG→GTG) | fis | DNA‑binding transcriptional dual regulator Fis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (21/16); total (21/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
GTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACT > NC_000913/3411442‑3411565 | gTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCgtgctgtgct > 1:2820033/1‑65 (MQ=255)gTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCgtgctgtgct > 1:284769/1‑65 (MQ=255) aGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCtga < 1:1857337/65‑1 (MQ=255) aataGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTACCCAGACCCGTGCTGTGCtgatg > 1:400050/4‑65 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCtgatga > 1:1535009/1‑65 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCtgatga > 1:4054163/1‑65 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCtgatga > 1:333097/1‑65 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCtgatga > 1:489811/1‑65 (MQ=255) gcccTGTTGGACGTGGTTGTGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATggg < 1:859979/64‑1 (MQ=255) ccccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATggg < 1:832732/65‑1 (MQ=255) ccccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATggg < 1:3383956/65‑1 (MQ=255) ccccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATggg < 1:2726946/65‑1 (MQ=255) cccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGc > 1:2519331/1‑65 (MQ=255) tGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAc < 1:1511280/65‑1 (MQ=255) tGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAc < 1:3947857/65‑1 (MQ=255) tGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAc < 1:3697014/65‑1 (MQ=255) tGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAc < 1:2061455/65‑1 (MQ=255) ggACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAcc < 1:3997019/65‑1 (MQ=255) ggACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAcc < 1:4047989/65‑1 (MQ=255) tcATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt < 1:3090540/64‑1 (MQ=255) aCATGGTTATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt < 1:3445034/65‑1 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACGCCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt < 1:788352/65‑1 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAAcctg > 1:4059324/1‑63 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCgg > 1:1780000/1‑64 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt < 1:3391592/65‑1 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt > 1:1204506/1‑65 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGAGCTGATGATGGGCATCAACCGt < 1:2846020/65‑1 (MQ=255) aCATGGTGATCCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGt > 1:210084/1‑65 (MQ=255) tGGTGATGCAATACACCCGTAGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGt < 1:847730/65‑1 (MQ=255) gTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTAc > 1:3649928/1‑65 (MQ=255) gTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTAc > 1:1991243/1‑65 (MQ=255) gCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGc > 1:3611064/1‑65 (MQ=255) acCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTaaaaa > 1:2316152/1‑65 (MQ=255) cccGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTaaacaa > 1:664280/1‑65 (MQ=255) cccGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTaaaaaa > 1:2994212/1‑65 (MQ=255) cccGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTaaaaaa > 1:4024031/1‑65 (MQ=255) ggTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGaa > 1:3450100/1‑65 (MQ=255) ggTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGaa > 1:1714784/1‑65 (MQ=255) tAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGaaaa > 1:2898917/1‑65 (MQ=255) tAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGaaaa > 1:3561128/1‑65 (MQ=255) aCCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCCTCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGaaaaaa < 1:3334603/65‑1 (MQ=255) ccAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAAt > 1:113250/1‑65 (MQ=255) ccAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACAGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAAt < 1:4291821/65‑1 (MQ=255) cccGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGc > 1:4191220/1‑65 (MQ=255) cccGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGc > 1:4254743/1‑65 (MQ=255) cccGTGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGc > 1:4352260/1‑65 (MQ=255) cccATGCTGTGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGc > 1:878154/1‑65 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa > 1:3620552/1‑65 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa > 1:3149278/1‑65 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa > 1:2784711/1‑65 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa < 1:2440092/65‑1 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa < 1:2361099/65‑1 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa > 1:2194352/1‑65 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa < 1:1859101/65‑1 (MQ=255) gctgtGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGaa > 1:1273148/1‑65 (MQ=255) tgcGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACt > 1:2864651/1‑65 (MQ=255) | GTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACT > NC_000913/3411442‑3411565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |