| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 82 [0] | [0] 81 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 62 (1.190) | 33/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978431‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCA > NC_000913/1979279‑1979342 CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:2701019/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC < 1:2674490/65‑1CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:811699/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC > 1:180271/1‑65CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC < 1:1523449/65‑1CGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAC < 1:1555295/65‑1 GGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACA > 1:737576/1‑65 GGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAA > 1:2637274/1‑65 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cagGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT < 1:259568/62‑1 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:359473/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT < 1:4759705/65‑1 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:4252400/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT < 1:2807111/65‑1 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:2584995/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:1683194/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:2180712/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT > 1:823699/1‑65 GCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGT < 1:1907842/65‑1 AGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAT < 1:4663928/65‑1 AGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAT < 1:3058558/65‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |