BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	803,662	0	C	A	100.0%	380.7 / NA	99	L54I (CTT→ATT)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (35/64); total (35/64)

Only 100 of 111 total aligned reads displayed.

AGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803604‑803722

    aCTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAaattaaaattaa                                                    <  1:2369492/65‑1 (MQ=255)

       aTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGtt                                                 >  1:3895588/1‑65 (MQ=255)

         tGCCTGGTCTATTCTCGCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTg                                               <  1:481452/65‑1 (MQ=255)

           ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                             >  1:285523/1‑65 (MQ=255)

           ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                             <  1:4745100/65‑1 (MQ=255)

            cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:96646/1‑65 (MQ=255)

            cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:347883/1‑65 (MQ=255)

            cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:620929/1‑65 (MQ=255)

            cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:934960/1‑65 (MQ=255)

             tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:40161/65‑1 (MQ=255)

             tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:1234311/65‑1 (MQ=255)

              ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:1358797/1‑65 (MQ=255)

              ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:942974/1‑65 (MQ=255)

              ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          <  1:2043236/65‑1 (MQ=255)

                tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:562659/1‑65 (MQ=255)

                   aTTCTCTCTTCTCATAATCCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGc                                     <  1:2054995/65‑1 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTCGCct                                   >  1:1885199/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:458105/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1187735/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:4548758/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:3024243/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:240295/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:4437496/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:4066776/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:606656/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2023900/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1904855/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1722010/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1653203/1‑65 (MQ=255)

                     tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:3897299/1‑65 (MQ=255)

                      ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:205519/1‑65 (MQ=255)

                      ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:1845632/1‑65 (MQ=255)

                       tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:3888353/65‑1 (MQ=255)

                       tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:4669583/65‑1 (MQ=255)

                       tctctTCGCATAATACATCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:4192865/65‑1 (MQ=255)

                          ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                              >  1:636659/1‑65 (MQ=255)

                          ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                              >  1:282719/1‑65 (MQ=255)

                            tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:3509491/65‑1 (MQ=255)

                            tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:2781153/65‑1 (MQ=255)

                            tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:495210/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAGTTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:4061051/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2875730/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:4003711/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2274209/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:3460427/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:546/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:4252559/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2774994/65‑1 (MQ=255)

                             cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGCTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:591192/65‑1 (MQ=255)

                               cATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGatat                         >  1:3013048/1‑65 (MQ=255)

                                   ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:1996049/65‑1 (MQ=255)

                                   ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     >  1:4562366/1‑65 (MQ=255)

                                     aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:1313689/1‑65 (MQ=255)

                                     aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:4055041/1‑65 (MQ=255)

                                      cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:3033511/1‑65 (MQ=255)

                                      cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:810765/1‑65 (MQ=255)

                                       gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg                 <  1:4540967/65‑1 (MQ=255)

                                         caggAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttgtt               <  1:1413494/63‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:4069538/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1042489/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:4547529/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:963872/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:509673/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:4257949/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3887683/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2308239/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2970566/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3101120/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2180345/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:319618/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3440935/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:10631/65‑1 (MQ=255)

                                            gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3749118/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTGCCTTTGTTGGTAt          <  1:1933706/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:1224776/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:3252215/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:1639343/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:4224832/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:2940455/65‑1 (MQ=255)

                                              aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:2827478/65‑1 (MQ=255)

                                                tatGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTg        >  1:463567/1‑65 (MQ=255)

                                                tatGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTg        <  1:2519089/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATGAAATTAAAATTAAGTTTTATTCGTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3654413/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTGAGTTTTATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3936590/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2698808/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2593850/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:4589697/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2428008/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2905957/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3304243/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2082162/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:4481363/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1801096/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:4264452/65‑1 (MQ=255)

                                                 atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1352049/65‑1 (MQ=255)

                                                 agggATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:755589/63‑1 (MQ=255)

                                                   ggATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAc     >  1:2709764/1‑65 (MQ=255)

                                                      taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:208712/65‑1 (MQ=255)

                                                      taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:4498218/65‑1 (MQ=255)

                                                      taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:1004937/65‑1 (MQ=255)

AGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803604‑803722

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 17 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`