| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 69 (1.370) | 35/120 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300634‑1300762 | cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa > 1:2078755‑M2/65‑65 (MQ=255)cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa > 1:1643637‑M2/65‑65 (MQ=255) ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:3591225‑M2/2‑1 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:2757018‑M2/7‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:658139‑M2/55‑65 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:798034‑M2/55‑65 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 1:2445311‑M2/54‑65 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 1:552041‑M2/54‑65 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt < 1:539402‑M2/12‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:2394591‑M2/15‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:2106761‑M2/15‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:393931‑M2/15‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 1:3787420‑M2/16‑1 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:1109564‑M2/49‑65 (MQ=255) atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:4199293‑M2/21‑1 (MQ=255) tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta > 1:1242229‑M2/44‑65 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat > 1:285937‑M2/43‑65 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:2436206‑M2/26‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 1:659125‑M2/29‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa > 1:2233436‑M2/37‑65 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa > 1:2233466‑M2/37‑65 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:3676222‑M2/36‑65 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:1143438‑M2/36‑65 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:529444‑M2/36‑65 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:3168531‑M2/36‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:857807‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:571903‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:437096‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:808445‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:4342045‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:3710882‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:3118579‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:4115593‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1509170‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1243972‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1239252‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2234080‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2255004‑M2/31‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:3403473‑M2/33‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:2168141‑M2/31‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:810217‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 1:3175070‑M2/36‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:4236073‑M2/30‑65 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:1843166‑M2/37‑1 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:3490732‑M2/28‑65 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:3269130‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:4201481‑M2/39‑1 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:1999021‑M2/23‑65 (MQ=255) ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt < 1:307345‑M2/45‑1 (MQ=255) ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 1:3649191‑M2/47‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:3979399‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:3991331‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:3452099‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:1158532‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2556729‑M2/18‑65 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:1095598‑M2/16‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:1711273‑M2/13‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:4264387‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:972550‑M2/55‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1027522‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:2529574‑M2/55‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1714707‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:3730336‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1999402‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:2020888‑M2/11‑65 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa > 1:1961079‑M2/9‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:4285051‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1224756‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAANTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3309335‑M2/58‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:3833954‑M2/63‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:3723406‑M2/63‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:1844097‑M2/63‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:3642416‑M2/63‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:320734‑M2/63‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGAc > 1:1470333‑M2/2‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:997556/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:4263192/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:3436517/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:3413803/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2598152/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1068571/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1053598/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAACCAGAAAAGATAGACa > 1:3158823/1‑65 (MQ=255) | ATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300634‑1300762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |