| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979269 | 1979278 | 10–776 | 71 [0] | [0] 71 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 61 (1.300) | 26/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
CTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979215‑1979341 | ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 1:1744251‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 1:1529386‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctgcgattttcaataatgcatgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 1:1986796‑M2/1‑1 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:475519‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:2083228‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:2601681‑M2/64‑65 (MQ=255) gcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 1:2148999‑M2/5‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:4171953‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1654213‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1512438‑M2/6‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:4347325‑M2/7‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:3931948‑M2/7‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:1436017‑M2/7‑1 (MQ=255) attttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTc < 1:1495187‑M2/8‑1 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:569578‑M2/13‑1 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:4285745‑M2/13‑1 (MQ=255) ataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATactct > 1:3108489‑M2/51‑63 (MQ=255) ataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttt > 1:2279686‑M2/51‑65 (MQ=255) aatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttg > 1:1541783‑M2/49‑65 (MQ=255) 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acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:3210068‑M2/15‑65 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:851571‑M2/15‑65 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:1208669‑M2/15‑65 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:1375282‑M2/15‑65 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:1740430‑M2/15‑65 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:4042048‑M2/13‑65 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:154403‑M2/13‑65 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:3096475‑M2/13‑65 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:634206‑M2/13‑65 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTATTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg < 1:4110851‑M2/53‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |