BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	803,662	0	C	A	100.0%	391.3 / NA	101	L54I (CTT→ATT)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (46/55); total (46/55)

Only 100 of 106 total aligned reads displayed.

AAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAG  >  NC_000913/803603‑803721

aaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaa                                                        >  1:1727014/1‑65 (MQ=255)

  ggCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGAtaaaattaaaat                                                      <  1:207326/65‑1 (MQ=255)

  ggCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGAtaaaattaaaat                                                      <  1:3185487/65‑1 (MQ=255)

   gCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATaaaattaaaatt                                                     >  1:429044/1‑65 (MQ=255)

       tATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGt                                                 <  1:545924/65‑1 (MQ=255)

        aTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGtt                                                >  1:1190980/1‑65 (MQ=255)

          tGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTg                                              >  1:2492139/1‑65 (MQ=255)

          tGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTg                                              >  1:1568203/1‑65 (MQ=255)

            ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                            <  1:481268/65‑1 (MQ=255)

            ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                            <  1:2634901/65‑1 (MQ=255)

            ccTGGTCTANGCTCTCTTNNCNTAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                            <  1:1157835/65‑1 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                           >  1:3177239/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                           >  1:2015793/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                           >  1:686687/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                           >  1:142713/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                           >  1:928885/1‑65 (MQ=255)

               ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                         >  1:3338064/1‑65 (MQ=255)

               ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                         >  1:451513/1‑65 (MQ=255)

                gTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAt                                        <  1:594262/65‑1 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATCCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:1684373/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAACGTTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:4091629/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:2639602/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:517374/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:957157/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:3835895/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                       >  1:114818/1‑65 (MQ=255)

                   tATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAg                                     <  1:816195/65‑1 (MQ=255)

                   tATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAg                                     <  1:2529145/65‑1 (MQ=255)

                      tctctcTTTGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:3772139/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:869819/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:1502708/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:2389217/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:4083531/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:486281/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:547609/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:172703/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:2083867/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:1293826/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:3532820/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                  >  1:2766031/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAANTNAGTTTGANNCATTAGCct                                  >  1:1611618/1‑65 (MQ=255)

                       ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                 >  1:3333633/1‑65 (MQ=255)

                       ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                 >  1:3553927/1‑65 (MQ=255)

                       ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                 >  1:81056/1‑65 (MQ=255)

                           ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                             >  1:199447/1‑65 (MQ=255)

                           ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                             >  1:1583651/1‑65 (MQ=255)

                            ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                            <  1:1694062/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                           <  1:1013079/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                           <  1:3615895/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                           <  1:548213/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                           <  1:1802440/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:3257293/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:3585664/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:3821441/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:3013547/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:2226705/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:1641615/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                          <  1:4271613/65‑1 (MQ=255)

                                cATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGatat                        >  1:2494482/1‑65 (MQ=255)

                                      aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                  >  1:1755002/1‑65 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                 >  1:3329679/1‑65 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                 >  1:3350831/1‑65 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                 >  1:3459996/1‑65 (MQ=255)

                                        gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg                <  1:4329245/65‑1 (MQ=255)

                                        gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg                <  1:216199/65‑1 (MQ=255)

                                         tCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttgt               >  1:1093136/1‑65 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:2900257/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1045584/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1219632/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:4077863/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:3892505/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:3817847/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:3328936/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1721530/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1525878/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:234068/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:2184084/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:599532/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1881791/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:1673013/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt           <  1:174169/65‑1 (MQ=255)

                                              aaaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTa          >  1:2688238/1‑65 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTCCCTTTGTTGGTAt         <  1:147122/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:952326/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:2241317/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:1412046/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:180693/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:851667/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt         <  1:676511/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:1015548/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:4126183/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:1445868/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:1535172/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:1658733/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:1761479/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:2194207/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt      <  1:2826629/65‑1 (MQ=255)

                                                    ggATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAc    >  1:1082262/1‑65 (MQ=255)

                                                     gATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACa   <  1:659190/65‑1 (MQ=255)

                                                      aTAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAcct  >  1:3285645/1‑63 (MQ=255)

AAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAG  >  NC_000913/803603‑803721

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`