| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,414,906 | 0 | T | G | 34.8% | 28.9 / 20.4 | 23 | V211G (GTG→GGG) | aidB | putative acyl‑CoA dehydrogenase AidB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/15); new base G (8/0); total (8/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCG > NC_000913/4414845‑4414970 | tCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑gggggg > 1:3805229/1‑65 (MQ=255)tCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑gggggg > 1:2840792/1‑65 (MQ=255)tCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTggg < 1:3969277/65‑1 (MQ=255) aTGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑Gggggggggt > 1:3383950/1‑62 (MQ=255) tGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGcgtt > 1:1393589/1‑62 (MQ=255) gAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGt < 1:3707298/65‑1 (MQ=255) gAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGt < 1:3245110/65‑1 (MQ=255) gCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGAGAA‑ATGGgtt > 1:1311079/1‑65 (MQ=255) acacCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTtc < 1:3088049/65‑1 (MQ=255) acacCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTCA‑ATCGtttttt > 1:4238734/1‑64 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAACATGGttttttt > 1:910082/1‑63 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑ATGGGTTTtttc > 1:2379647/1‑65 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑ATGGGTTTtttc > 1:241607/1‑65 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑ATAGGTTTtctc > 1:2210711/1‑65 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑AAGGgttttttt > 1:3888243/1‑62 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGCGTAA‑AAGGgttttttt > 1:1743025/1‑62 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCCGCT‑GGGGGGGCGCTG‑ATGGGTTTtctc > 1:2355695/1‑65 (MQ=255) gcccGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGt < 1:3401129/64‑1 (MQ=255) accCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGCTAA‑AATGGTTTTCTCggg > 1:2928260/1‑64 (MQ=255) cGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTcc < 1:898476/65‑1 (MQ=255) tGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGc < 1:2806214/65‑1 (MQ=255) agagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGGGTAA‑AAGGTTTTTTTCGTTTCCCCag > 1:2417605/1‑64 (MQ=255) agagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑ATGGTTTTTTTTGGTTCCGCcaa > 1:177772/1‑65 (MQ=255) agCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGc < 1:2994298/65‑1 (MQ=255) agCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAA‑AAGGGTTTTTTCGGGTTCGCcaaag > 1:1072508/1‑63 (MQ=255) tGGAAGATTGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATgcg < 1:2104427/65‑1 (MQ=255) tGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATgcg < 1:1234442/65‑1 (MQ=255) tGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATgcg < 1:3643765/65‑1 (MQ=255) tGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATgcg < 1:3602675/65‑1 (MQ=255) gAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCa < 1:1424625/65‑1 (MQ=255) gAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCa < 1:987197/65‑1 (MQ=255) ttATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTgg < 1:2332528/65‑1 (MQ=255) gCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGa < 1:320433/65‑1 (MQ=255) gCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGa < 1:2551515/65‑1 (MQ=255) gCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGa < 1:14996/65‑1 (MQ=255) gCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGa < 1:1320223/65‑1 (MQ=255) tggGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACcgcg < 1:4526013/65‑1 (MQ=255) | TCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAA‑ATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCG > NC_000913/4414845‑4414970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |