BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	803,662	0	C	A	99.0%	362.9 / ‑4.5	96	L54I (CTT→ATT)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (41/54); minor base G (1/0); total (42/54)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

AAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAC  >  NC_000913/803603‑803719

aaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaa                                                      >  1:4338949/1‑65 (MQ=255)

     aCTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAaattaaaattaa                                                 >  1:3879055/1‑65 (MQ=255)

     aCTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAaattaaaattaa                                                 >  1:328027/1‑65 (MQ=255)

       tATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGt                                               <  1:3318745/65‑1 (MQ=255)

       tATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGt                                               <  1:2186895/65‑1 (MQ=255)

        aTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGtt                                              >  1:803520/1‑65 (MQ=255)

        aTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGtt                                              >  1:2280963/1‑65 (MQ=255)

          tGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTATg                                            >  1:3573525/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                         >  1:2527880/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                         >  1:2231950/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                         >  1:2981513/1‑65 (MQ=255)

             cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                         >  1:394152/1‑65 (MQ=255)

               ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                       <  1:531256/65‑1 (MQ=255)

               ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                       >  1:3572086/1‑65 (MQ=255)

                gTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAt                                      <  1:4137006/65‑1 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:3762815/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:4123084/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:1576257/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:4147698/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:2509785/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:654129/1‑65 (MQ=255)

                 tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                     >  1:2974063/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAGTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:2383555/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:2585754/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:2035505/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:330433/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:2006564/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:2001759/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:3321115/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:1965657/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:3352662/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:3442799/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:3454881/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:3602028/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:1676247/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:163247/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:4345138/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:1034923/1‑65 (MQ=255)

                      tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                >  1:858886/1‑65 (MQ=255)

                       ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                               <  1:1597348/65‑1 (MQ=255)

                       ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                               >  1:1372701/1‑65 (MQ=255)

                       ctctccTCGCATAATGCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                               <  1:1016725/65‑1 (MQ=255)

                        tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                              <  1:1635579/65‑1 (MQ=255)

                            ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTTATTCATTAGCCTCTCACg                          <  1:814738/65‑1 (MQ=255)

                            ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                          <  1:2626901/65‑1 (MQ=255)

                            ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                          <  1:180733/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                         <  1:3579422/65‑1 (MQ=255)

                             tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                         <  1:4564352/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:3793615/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:3615137/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:1743587/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:1750494/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:3543133/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:3375387/65‑1 (MQ=255)

                              cGCATAAGACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                        <  1:2971707/65‑1 (MQ=255)

                                cATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGatat                      <  1:624411/65‑1 (MQ=255)

                                cATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGatat                      >  1:3894864/1‑65 (MQ=255)

                                      aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTTCCtt                <  1:1997575/65‑1 (MQ=255)

                                      aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                >  1:27724/1‑65 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt               >  1:4280122/1‑65 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt               <  1:1647685/65‑1 (MQ=255)

                                       cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt               >  1:588864/1‑65 (MQ=255)

                                        gTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttg              <  1:2555618/65‑1 (MQ=255)

                                         tCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttgt             <  1:2735040/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1178392/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:421414/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:4194955/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:4183738/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:4495034/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:4575128/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:3166665/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:3884664/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1708432/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1888697/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1714180/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:3757232/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:3662515/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:2019642/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1729861/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1967621/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1912228/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:1180787/65‑1 (MQ=255)

                                             gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt         <  1:2796812/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt       <  1:2658510/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt       <  1:3984305/65‑1 (MQ=255)

                                               aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt       <  1:3798911/65‑1 (MQ=255)

                                                 tatGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTg     <  1:1231548/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTgc    <  1:1694554/65‑2 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:1482853/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:1243173/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:4470252/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    >  1:1499886/1‑65 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:4507610/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:58119/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:3622262/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:3467805/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:2165278/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:2203115/65‑1 (MQ=255)

                                                  atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt    <  1:100640/65‑1 (MQ=255)

                                                    ggATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAc  <  1:629860/65‑1 (MQ=255)

AAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAC  >  NC_000913/803603‑803719

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 17 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`