| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,903,280 | G→A | G67S (GGT→AGT) | manY → | mannose‑specific PTS enzyme IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,903,280 | 0 | G | A | 97.9% | 169.6 / ‑4.6 | 47 | G67S (GGT→AGT) | manY | mannose‑specific PTS enzyme IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (17/29); total (18/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGC > NC_000913/1903218‑1903341 | tGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGt < 1:45788/65‑1 (MQ=255)tGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGt < 1:1620146/65‑1 (MQ=255)tGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGt < 1:2200377/65‑1 (MQ=255)tGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGt < 1:3526838/65‑1 (MQ=255) aCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGtgcctg > 1:4397215/1‑62 (MQ=255) aCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCACtgctgc > 1:468637/1‑65 (MQ=255) cGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAg < 1:1375601/65‑1 (MQ=255) attattatCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTgc > 1:3562871/1‑65 (MQ=255) tattatCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTgcgc < 1:787374/65‑1 (MQ=255) tattatCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTgcgc < 1:4376421/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAc > 1:1674015/1‑65 (MQ=255) tCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAc > 1:3599676/1‑65 (MQ=255) gtggtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgcc > 1:1538077/1‑65 (MQ=255) ggtACGCTGGAAATGATCGCGGTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 1:4582166/65‑1 (MQ=255) ggtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 1:648617/65‑1 (MQ=255) ggtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 1:2813786/65‑1 (MQ=255) ggtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 1:1652135/65‑1 (MQ=255) ggtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCCGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 1:2572251/65‑1 (MQ=255) gtACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGct < 1:913081/65‑1 (MQ=255) gCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTgg > 1:1869147/1‑65 (MQ=255) gCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTgg < 1:3437242/65‑1 (MQ=255) gCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTgg < 1:2885585/65‑1 (MQ=255) gCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCCCTgg > 1:3753565/1‑65 (MQ=255) tGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCt < 1:2348462/65‑1 (MQ=255) aaTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTa > 1:2706640/1‑65 (MQ=255) aTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTAt > 1:3010166/1‑65 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATc > 1:3574691/1‑65 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTtctctc > 1:1807525/1‑65 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCAGCTCTGGCTTCTATc > 1:820873/1‑65 (MQ=255) gATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCa < 1:2322835/65‑1 (MQ=255) gATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCa < 1:2146856/65‑1 (MQ=255) gATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCa < 1:4271731/65‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt > 1:3903762/1‑65 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt < 1:2765295/65‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt < 1:2863465/65‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt < 1:3798747/65‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:4027087/1‑65 (MQ=255) cgcTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 1:1366799/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGCTGGATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 1:500387/65‑1 (MQ=255) gggctggATGAACATCAGTGCTGCAGTTGTGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCa < 1:3938727/65‑1 (MQ=255) gctggATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTCTCCTTTCTACCAtt > 1:3314537/1‑65 (MQ=255) ctggATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTc > 1:2953461/1‑65 (MQ=255) gATGAACATCAGTGCTGCGGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTgg < 1:4284526/65‑1 (MQ=255) gATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTgg < 1:954162/65‑1 (MQ=255) gATGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTgg < 1:4434751/65‑1 (MQ=255) aTGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCCTTTCTTCCATTCTGGt > 1:1099231/1‑65 (MQ=255) aTGAACATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCAGTCTGGt > 1:4539326/1‑65 (MQ=255) gAACTTCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTa < 1:1339591/65‑1 (MQ=255) aCATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATc < 1:2899747/65‑1 (MQ=255) cATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCg > 1:1719110/1‑65 (MQ=255) cATCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCg > 1:1398669/1‑65 (MQ=255) aTCAGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGc > 1:3774227/1‑65 (MQ=255) | TGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGC > NC_000913/1903218‑1903341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |