| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 62 [0] | [0] 61 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 55 (1.320) | 25/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 | gggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG < 1:1309127‑M1/65‑1 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt < 1:3566245‑M1/65‑2 (MQ=255) gCTGCGCTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2252416‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:1678755‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2115190‑M1/1‑63 (MQ=255) gCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:1317044‑M1/65‑6 (MQ=255) gCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:969899‑M1/65‑6 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:2341644‑M1/65‑7 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAAGACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 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aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:1861455‑M1/65‑30 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:135766‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1681170‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:181544‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1849610‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:2264803‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:3105801‑M1/1‑33 (MQ=255) acaAAANACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:2214544‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAACTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:13412‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:2973947‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:1971626‑M1/1‑29 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 1:2377434‑M1/1‑26 (MQ=255) acacTCAATTACATAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:2293061‑M1/1‑24 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcatctgttaaa > 1:1562656‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgagtgtatttcaatctgttaa > 1:2621992‑M1/1‑23 (MQ=255) cAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaag > 1:1774416‑M1/1‑19 (MQ=255) cAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaag > 1:10482‑M1/1‑19 (MQ=255) aCTTAANATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2219799‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:272111‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2559078‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:3682109‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2737716‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:854709‑M1/1‑14 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:1596606‑M1/1‑12 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:1007414‑M1/1‑12 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:2470877‑M1/1‑12 (MQ=255) aaCATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgct < 1:2752236‑M1/65‑56 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:27017‑M1/1‑7 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:3110223‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2758222‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2969947‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1605703‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:156038‑M1/1‑2 (MQ=255) | GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |